Digamos que tengo datos de expresión del genoma completo (transcriptoma) para algunos tejidos humanos muestreados. ¿Son suficientes estos datos para conocer el grupo de ascendencia continental de un donante?
Si puede llamar variantes genómicas a partir de sus datos, dependiendo de su cobertura del genoma, debería poder mapear la ascendencia. Por ejemplo, si tiene lecturas de secuenciación, puede alinear sus lecturas con un genoma de referencia y luego llamar a las variantes utilizando canalizaciones existentes.
Una vez que tenga llamadas variantes, puede usar marcadores informativos de ascendencia para inferir la ascendencia de su muestra directamente.
O puede usar el software existente para mapear la ascendencia de su muestra en relación con otras muestras de ascendencia conocida, usando un programa como ADMIXTURE , STRUCTURE , EIGENSOFT o simplemente análisis de componentes principales. Para muestras de referencia, puede usar un conjunto de datos disponible públicamente como HapMap 3 o el Proyecto de Diversidad del Genoma Humano .
Sashko Likhenko
leekaiinthesky