¿Cómo analizar los datos de fMRI relacionados con eventos con el activador de fMRI faltante en el archivo de registro?

Tengo el siguiente problema: realizamos un experimento de fMRI relacionado con eventos utilizando el software de presentación para mostrar el experimento. Por lo general, cada pulso/escaneo de fMRI se registra en el archivo de registro de presentación para que los tiempos para el análisis relacionado con eventos se puedan derivar más adelante. Desafortunadamente, para aproximadamente la mitad de los sujetos faltan estos desencadenantes en los archivos de registro, por lo que no sé cuándo ocurrieron los eventos experimentales en relación con el primer escaneo.

¿Tiene alguna idea de cómo podría intentar analizar esa parte de los datos? Todas las sugerencias son bienvenidas.

¡Estoy impresionado por su entusiasmo positivo después de encontrar una brecha de pesadilla en su conjunto de datos! Buena suerte. +1
¡Gracias! Para ser precisos, no comencé el proyecto, simplemente soy la única persona que quedó trabajando con fMRI en nuestro grupo, así que "heredé" el proyecto y descubrí este problema...
¡Uf, bien por ti! Eso probablemente lo convierte de un desastre en un fastidio :)

Respuestas (1)

Puedo ver un caso en el que aún podría analizar los datos.

Esto solo funciona bajo tres condiciones:

  1. su paradigma no tiene duraciones variables de presentaciones de estímulos o descansos u otros (o puede determinar todos los tiempos retrospectivamente) Y

  2. todos sus escaneos fmri tienen marcas de tiempo en su información de encabezado (que creo que siempre es el caso, al menos en el archivo sin formato) Y

  3. las secuencias de pulsos y la presentación siempre se iniciaron al mismo tiempo (o el archivo de registro tiene al menos una hora de inicio y la diferencia entre ambos inicios fue consistente).

Supongo que puede responder de inmediato si se cumple la primera condición. Para el segundo, cualquier software apropiado para abrir los archivos sin procesar debería poder mostrarle las marcas de tiempo, si existen. Para los archivos dicom hay marcas de tiempo para el tiempo de estudio, tiempo de serie y tiempo de adquisición donde el tiempo de adquisición es diferente para cada archivo (según este sitio de ayuda del programa AFNI). El tercero también puede saberlo de inmediato, pero si no, puede consultar las marcas de tiempo de los temas en los que tiene los desencadenantes en el archivo de registro y compararlo con la hora de inicio del archivo de registro (si existe). Si calcula esa diferencia para todos los sujetos y siempre es la misma, tiene suerte y puede calcular los tiempos de activación para los sujetos en los que faltan.

¡Muchas gracias por esta respuesta detallada! También he pensado en una dirección similar. El archivo de registro tiene todos los tiempos y duraciones de presentación de estímulos en relación con el inicio del paradigma y las exploraciones de fMRI también tienen marcas de tiempo en su información de encabezado. Sin embargo, la tercera condición es el problema real: el escáner y el paradigma se ejecutaron desde dos máquinas diferentes, por lo que un cierto tiempo en una máquina no corresponde al mismo tiempo en la otra máquina (afaik ninguna de las máquinas está conectada a la Internet, por lo que no hay sincronización de tiempo).
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