¿Cifrar las copias de seguridad en la unidad APFS cifrada para la copia de seguridad de Time Machine?

La configuración más simple es simplemente conectar cualquier disco a la Mac y, si no tiene configurado Time Machine, se le pedirá automáticamente que use esa unidad y si necesita reformatear, eso se explica. Luego, una vez que se configuran las copias de seguridad, si está haciendo una copia de seguridad de una Mac encriptada en un destino no encriptado, Time Machine automáticamente le solicita que encripte la unidad.

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Si le gusta hacer las cosas manualmente, aquí hay más detalles y una explicación de que desea que una unidad basada en HFS contenga la copia de seguridad, ya sea que comience desde APFS o HFS.

Hasta OSX Big Sur (11.0), no podía usar un disco externo con APFS para una copia de seguridad de la máquina del tiempo. Tenías que usar Journaled HFS+. Para hacerlo, primero formatea tu disco externo como JHFS+ (Cifrado). Después de eso, ve a Configuración > Time Machine y selecciona tu disco. Si tiene la opción, seleccione "Cifrar copia de seguridad". De esta manera, su copia de seguridad estará encriptada. Así que la respuesta a tu pregunta no es ninguno de los dos. Está registrado en HFS+ (encriptado). En estas versiones anteriores de OSX, si intenta usar APFS con Time Machine, recibirá la siguiente advertencia:

Fuente: Apple - Discos de respaldo que puede usar con Time Machine (APFS no se menciona en absoluto)

Actualización: 24.12.2020

macOS Big Sur 11.0+ (incluido Monterey)

Los discos APFS o APFS Encrypted son el formato preferido para un disco de copia de seguridad de Time Machine. Si selecciona un nuevo disco de respaldo que aún no está formateado como un disco APFS, tiene la opción de borrarlo y volver a formatearlo. Si el disco es un disco de formato Mac OS Extended que contiene una copia de seguridad existente de Time Machine, no se le pedirá que borre y vuelva a formatear el disco.

Fuente: Guía del usuario de macOS: Tipos de discos que puede usar con Time Machine en Mac