Uso mpeg streamclip para corregir los códigos de tiempo en vobs combinados. Me gustaría una utilidad de línea de comandos que haga esto sin tener que volver a codificar si es posible.
Libav tiene la herramienta avconv, que le permite hacer eso con el filtro de video setpts=PTS-STARTPTS.
No he probado esto, pero lo siguiente debería ser el truco para ti:
avconv -i in.vob -vf 'setpts=PTS-STARTPTS' -c:a copy -c:v copy out.vob
Para obtener más información, puede consultar http://manpages.ubuntu.com/manpages/precise/man1/avconv.1.html
Puede usar esta herramienta que hice para corregir el código de tiempo sin volver a codificar, https://sourceforge.net/projects/vob-timecode-fixer/
gian