Xenopedia tiene un artículo muy detallado sobre los ingenieros. Parece que el universo Alien no es el más consistente, por lo que realmente no hay una respuesta consistente.

Sin embargo, dentro del universo cinematográfico, no se dice mucho sobre ellos, así que soy libre de especular. Son spoilers hasta el final.

Creo que hay dos facciones enfrentadas en la carrera de ingenieros. La primera facción se esfuerza por crear vida, sembrando mundos con su ADN. La otra facción lucha contra este objetivo, destruyendo esa vida.

El primer ingeniero que vemos está vestido con una túnica sencilla y bebe el líquido negro en lo que parece una ceremonia religiosa. Me imagino que fue elegido para este deber por su excelente ADN. Mira al chico: es hermoso. La nave que lo trajo a la tierra tiene forma de platillo y probablemente dejó caer a otros ingenieros en otras partes del planeta. Probablemente sea una nave de transporte que lleve muchos ingenieros.

Contrasta con el ingeniero que se ve en la segunda mitad de la película. Parece vestirse como un guerrero y claramenteno le gustan los humanos. Además, su nave es diferente: su propósito es entregar el líquido negro modificador y destructivo.

Solía ​​leer los cómics de Alien y creo que esta idea surgió originalmente de ellos, pero no recuerdo qué serie. Ciertamente no soy lo suficientemente inteligente como para haberlo pensado yo mismo.

Aquí hay una posible respuesta, que se encuentra en un artículo de io9: http://io9.com/5919306/another-theory-about-the-meaning-of-prometheus

Si bien es más una especulación, está bien argumentado y documentado y podría ayudar a otros que compartieron mi curiosidad.

[editar]Extracto relevante del artículo de io9 incluido a continuación

El planetario digital que David activa indica que la Tierra es solo un planeta con el que estaban trabajando los ingenieros. (Hubiera sido sorprendente si hubiera sido cualquier otra cosa). Lo que estaba ocurriendo aquí era nada menos que un programa monumental de experimentos que involucraban aceleradores de ADN, lo que hacía tentador atribuir a esa sustancia pegajosa negra un estado mítico/primordial. Scott ha dicho que el drama de cavernícolas de 1981 Quest for Fire fue una gran influencia para esta película, y uno se pregunta hasta dónde llevar esa comparación. Si esa sustancia pegajosa negra es realmente el fuego a la Quest (y la leyenda misma de Prometheus), entonces los ingenieros nunca crearon el acelerante, sino que tropezaron con él. O bien se lo dieron sus creadores. Esta noción de que los ingenieros no alcanzan el estatus de motores inmóviles, que no está en la cúspide de la jerarquía cósmica— recibe mayor peso por otra declaración tentadora de Scott, a saber, que se basó en gran medida en los mitos sumerios al crear el universo de Prometeo. Cuando consideramos hasta qué punto esos mitos presentan dioses con ayudantes divinos, uno se pregunta si los Ingenieros eran simplemente servidores de algo más grande. Después de todo, los ingenieros parecen bastante malditamente diseñados. Todos tienen el mismo aspecto, y su arte no parece menos religioso que los dibujos de las cuevas de la Tierra (a la imagen de la pared del xenomorfo, por no hablar de la cabeza gigantesca). Por lo tanto, somos conducidos por una inquietante cadena de lógica: así como los robots pueden cambiar las tornas de los humanos... así como los xenomorfos cambiaron las tornas de los Ingenieros,

TL;DR

Nosotros (la raza humana) matamos a un Ingeniero (Jesús) que fue enviado a la Tierra hace 2000 años para "corregir" nuestro rumbo, eso hizo que decidieran destruirnos como solución final.

_{(La respuesta contiene spoilers pero debido a que están en varios lugares, decidí no enmascararlos)}

Hay una entrevista de Riddle Scott (que puedes leer aquí ) donde realmente aborda tu pregunta.

Lo que dice es que los Ingenieros crearon la vida en la Tierra y nos observaron de cerca a lo largo de la historia humana. Nos visitaron de vez en cuando pero no intervinieron.

Cuando la raza humana llegó al fondo de su decadencia (que según el director fue durante el Imperio Romano Occidental) decidieron "razonarnos" enviando a un Ingeniero a la Tierra que era lo que ahora conocemos como Jesucristo. ¿Qué hicimos con él? Lo crucificamos y lo matamos.

Ese fue el catalizador que desencadenó su reacción para regresar a la Tierra y vaciar todo su cargamento de "sustancia negra". Ellos creían que si no pueden corregir nuestro camino, entonces no tenemos un "lugar" en el universo y nuestro objetivo se ha completado. Establecieron un rumbo a la Tierra para destruirnos, pero su plan fracasó cuando la sustancia contaminó y mató a la tripulación de la nave exacta que visita el equipo de Prometheus en la película.

Si observa con atención, el Dr. Shaw data con carbono al ingeniero decapitado y dice que "fue asesinado hace 2000 años, más o menos". La expedición de Prometeo tiene lugar en 2091, así que más o menos 60 años (Jesús murió cuando tenía 33), eso tiene mucho sentido.

También hay mucho sobre Dios y la religión en general en la película. La Dra. Shaw sigue usando su cruz y aunque toda la filosofía de la religión occidental se desestabiliza a partir de un punto específico de la película, ella se defiende diciendo que debe existir un ser mayor que hizo a los Ingenieros:

-Supongo que ahora puedes quitarte la cruz de tu padre.

-¿Por qué querría hacer eso?

-Porque nos hicieron .

-¿Y quién los hizo ?
_{Elizabeth hablando con Charlie sobre sus hallazgos de ADN}

Una escena alternativa que fue eliminada de la versión teatral, también explica que los Ingenieros provienen de un lugar que se llama Paraíso , nombre que la mayoría de las religiones humanas dan a su cielo.

[...]

-Cuando esa cosa, te arrancó la cabeza... ¿Qué dijo David? ¿De dónde vienen?

-Cosa, Dr. Shaw? No mucho tiempo los consideraste dioses.

-Dios nunca trató de matarme.

...

-Entonces, David? ¿Que dijo el? ¿De dónde vienen?

-No hay traducción directa, pero varias de sus culturas antiguas tienen una palabra similar. paraíso _
_{Elizabeth preguntando a David qué dijo el ingeniero cuando habló}

Entonces, los Ingenieros que nos crearon en primer lugar son los mismos que decidieron destruirnos. ¡Y tienen una muy buena razón para estar molestos!

PD: ¡Adivina cuánto más molestos estarán en la próxima película ( Alien: Covenant ) cuando Elizabeth visite su planeta usando (¡adivina qué!) su cruz!