Simulaciones numéricas directas versus inversas en genética de poblaciones

Mi pregunta está muy relacionada con este post .

Existen varias plataformas para realizar simulaciones numéricas basadas en individuos en genética de poblaciones. Puede encontrar una lista casi exhaustiva de tales plataformas aquí .

Algunos programas (como NEMO o SFS_CODE, por ejemplo) realizan simulaciones hacia adelante, mientras que otros (como SIMCOAL2, por ejemplo) realizan simulaciones hacia atrás (coalescencia).

Estoy pidiendo una comparación general entre esos dos métodos.

  • ¿Es uno más rápido que el otro? ¿Por qué? (Intuitivamente, esperaría que las simulaciones hacia atrás fueran más rápidas).
  • ¿La simulación hacia atrás permite simular la selección, la recombinación, la tasa de mutación específica de género, la demografía compleja, etc.?
  • ¿Por qué/cuándo se usaría un modelo de simulación hacia atrás/hacia adelante en lugar del otro tipo de modelo?

Respuestas (1)

Todas tus intuiciones parecen correctas. La simulación coalescente debería ser más rápida, porque no realiza un seguimiento del historial completo de la población durante todas las t generaciones como lo hace en la simulación directa. Más bien, a medida que trabaja hacia atrás en el tiempo, está rastreando una población cada vez más pequeña. Y con las simulaciones coalescentes probablemente sea muy difícil incorporar la gama completa de procesos evolutivos, mientras que hacerlo es más o menos trivial con las simulaciones directas.

Un artículo de 2008 de Carvajal-Rodríguez revisa algunos de los problemas con más detalle que tengo aquí.

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