Quién sabe.

El productor David Heyman dice que Newt no será el protagonista hasta el final:

"No creo que [Newt esté] en el corazón de todos ellos", dijo Heyman a Cinema Blend. "Creo que él será parte, al igual que Tina, Queenie y Jacob, serán parte del próximo".

Pero JK Rowling dice que lo hará:

@S_Dalmarzabal : por favor dinos que newt sigue siendo el personaje principal en las próximas películas

@jk_rowling : Por supuesto.

Newt 'es la clave de todo esto' y seguirá siendo central en la historia.

En una entrevista en el set de Fantastic Beasts: Crimes of Grindelwald , se le preguntó a David Heyman si era difícil mantener a Newt, ya que el enfoque de la franquicia revela que Newt es "la clave de todo esto" y seguirá siendo central, aunque otros personajes también son significativos y la historia abarca muchos personajes que tienen partes que a veces están separadas entre sí.

Prensa: ¿Puedes hablar sobre mantener esta franquicia enfocada en Newt, cuando tienes la historia de Credence ahora y su viaje, y luego tienes la eventual reunión de Dumbledore y Grindelwald? Entonces, ¿es un poco difícil estar seguro de que Newt sigue siendo la clave de todo esto?

David: Creo que Newt es clave en todo esto. Pero creo que también es bastante novelesco en el sentido de que es un tapiz muy rico y estamos explorando todos estos personajes y los conocerás a todos. Hay varios elementos. Todos estos personajes no están juntos en todas las escenas. Muchos de ellos tienen sus partes separadas, y los seguimos a todos. Así que Newt es central. Pero los otros personajes son realmente significativos.
_{^{- Entrevista de visita al set de Crimes of Grindelwald - David Heyman}}

Entonces, a partir de esto, podemos concluir que Newt será el protagonista de la secuela. Además, la pregunta que se le hizo a David Heyman fue sobre mantener a Newt como el foco de la franquicia en sí, por lo que su afirmación de que Newt sigue siendo "la clave de todo esto" también puede aplicarse al resto de las secuelas.

Respuesta anterior, menos actualizada a continuación:

Sí, Newt jugará un papel importante en la secuela.

Según la nueva información publicada recientemente en Pottermore, Newt ciertamente será una parte bastante importante de la próxima película. Se unirá a Dumbledore para detener a Grindelwald, quien escapa de la prisión y comienza a reclutar nuevos seguidores.

Aquí hay una breve cita del artículo que confirma el papel de Newt en la secuela:

Lo último del estudio es que, en la nueva película, Grindelwald 'hará un escape dramático' de la custodia de MACUSA, lo que obligará a Albus Dumbledore a unirse a los esfuerzos del mundo mágico para detenerlo.

El villano Grindelwald ha estado ocupado "reuniendo más seguidores para su causa, elevando a los magos por encima de todos los seres no mágicos". Dumbledore buscará la ayuda de su antiguo alumno Newt.

La fotografía principal, la fase de producción en la que realmente están filmando la acción de la película, ha comenzado, por lo que podemos tener una idea más concreta de lo que sucederá.

Nota: Gallifreyan realmente encontró esta información y la publicó como un comentario arriba. No sabía esto en el momento en que publiqué esta respuesta, pero él merece crédito por encontrarla primero.

Actualizar:

La próxima película ahora tiene un título, "Animales Fantásticos: Los Crímenes de Grindelwald". Por lo que sabemos, está claro que tanto Grindelwald como Dumbledore serán una parte mucho más importante de esta película que la última, pero Newt sigue siendo claramente una parte importante de la historia. El título no tiene el nombre de Newt (de la forma en que todos los libros de Harry Potter tenían el nombre de Harry), pero se menciona que Newt jugará un papel importante en la próxima película. Aparece en algunos de los materiales promocionales publicados, como el letrero de la presentación de su libro y sus documentos de viaje. No se dice explícitamente que sea el personaje principal, pero se le conoce como el "héroe principal que regresará".

Regresan rostros familiares
Nuestro héroe principal Newt Scamander (Eddie Redmayne) y sus amigos, el neoyorquino No-Maj Jacob (Dan Fogler) y las hermanas Tina (Katherine Waterston) y Queenie Goldstein (Alison Sudol), regresarán en esta próxima película.
_{^{Todo lo que sabemos hasta ahora de Animales Fantásticos: Los Crímenes de Grindelwald (Pottermore)}}

Si bien no se indica exactamente qué tan grande será su papel, por su clara presencia en el material promocional (incluida la aparición en muchas de las imágenes publicadas en la cuenta de Twitter de Fantastic Beasts para mantener a la gente interesada), se podría suponer razonablemente que está en menos uno de los personajes principales, y posiblemente el personaje principal.