Todavía no se da ninguna razón en el universo para los ojos de Grindelwald.

Aunque es posible que se dé una explicación en el universo para los diferentes colores de ojos de Grindelwald en la información publicada más adelante, actualmente no hay una razón conocida en el universo. Como se indica en la pregunta, es una elección por parte de Johnny Depp, el actor que lo interpreta. Cuando se le preguntó sobre la historia de fondo de los ojos, Depp no ​​dice nada sobre su historia de fondo en el universo, y solo la describe como una representación simbólica de la dualidad interna de Grindelwald.

Ahora tiene, como se refirió uno de sus coprotagonistas, un "ojo aterrador", un ojo bastante diferente del otro. ¿Eso tiene una historia de fondo, es simplemente espeluznante?

Es una elección de personaje. Vi a Grindelwald como más de uno, si sabes a lo que me refiero. Casi sentí que él es tal vez dos personas. Son gemelos en un solo cuerpo. Entonces, un ojo audaz es más como el otro lado de él. Algo así como un cerebro para cada ojo, un gemelo albino, y él está en algún punto intermedio.
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Más allá de eso, actualmente no se da ninguna explicación de por qué los ojos de Grindelwald son de dos colores diferentes. De hecho, puede haber uno, pero si lo hay, todavía no se menciona en ninguna parte.

Puede ser algún tipo de ojo de "reemplazo" como Mad-Eye Moody's.

La otra persona que se ve en la serie de Harry Potter con ojos que no coinciden es Mad-Eye Moody, que solía tener dos ojos que coincidían en un momento, pero perdió uno y lo reemplazó con uno mágico.

Ojoloco Moody, que tenía el pelo canoso largo y canoso y le faltaba un gran trozo de la nariz, entrecerraba los ojos con desconfianza hacia Harry a través de sus ojos disparejos. Un ojo era pequeño, oscuro y brillante, el otro grande, redondo y de color azul eléctrico: el ojo mágico que podía ver a través de paredes, puertas y la parte posterior de la cabeza de Moody".
_{^{- Harry Potter y la Orden del Fénix, Capítulo 3 (La Guardia Avanzada)}}

Moody no siempre tuvo el ojo mágico, solía tener dos ojos iguales normales.

“Ojoloco Moody estaba sentado allí, aunque había una diferencia muy notable en su apariencia. No tenía su ojo mágico, sino dos normales”.
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Es posible que Grindelwald también haya obtenido un ojo de reemplazo en algún momento como lo hizo Mad-Eye Moody.

Es menos probable que esté relacionado de alguna manera con que Grindelwald sea un Vidente.

Otra posible razón en el universo para que Grindelwald tenga dos ojos de diferentes colores es su habilidad de vidente. Parece ser un vidente mucho más hábil que Trelawney, ya que puede ver intencionalmente.

EN T. ESCONDITE DE GRINDELWALD, SALA DE DIBUJO—NOCHE

GRINDELWALD exhala vapor de una cachimba con forma de calavera que brilla intensamente. Sus ACOLYTES observan cómo el humo forma una visión del Obscurus, un remolino de color negro y rojo intermitente, y luego se resuelve en una imagen de CREDENCE.
_{^{- Animales Fantásticos: Los Crímenes de Grindelwald (El Guión Original)}}

Aunque nunca se menciona que los videntes tienen ojos que son de alguna manera inusuales, parece ser más vidente que nadie visto antes en la serie de Harry Potter, y es una habilidad relacionada con la "vista", por lo que teóricamente podría tenerla. afectar sus ojos de alguna manera.