¿Se pueden encontrar bacterias y fagos en los tejidos?

en la literatura existen varios estudios del viroma y microbioma intestinal, por ejemplo Reyes et al. sobre la naturaleza ( https://www.nature.com/articles/nature09199?error=cookies_not_supported&code=f5201dbe-3cda-4e09-ba17-688d0352ef81). Ahora, tiene sentido encontrar bacterias (por lo tanto, fagos) en las heces. Sin embargo, hay otros estudios que reportan bacterias de tejido, por ejemplo, Kostic et al. on Genome res (Artículo El análisis genómico identifica la asociación de Fusobacterium con...). En este caso específico, la bacteria identificada (Fusobacterium nucleatum) es un parásito endocelular y posee factores de virulencia que le permiten penetrar en los tejidos. Pero mi pregunta es más general: ¿Sería normal identificar bacterias y bacteriófagos DENTRO de los tejidos humanos? En particular, ¿es probable que los experimentos metagenómicos de secuenciación del genoma completo identifiquen el genoma bacteriano de los tejidos humanos? Y si es así, ¿cómo podemos explicar la presencia de bacterias dentro de loci que se supone que son estériles? Gracias

¿Te refieres a tejidos sanos o enfermos? Hay algunas bacterias, virus o parásitos en los tejidos sanos.
en ambos casos, existen diferencias en abundancia y especies entre tejidos sanos y enfermos pero, en general, en ausencia de una infección evidente, los tejidos deben ser estériles. ¿O no?
Los tejidos dentro de los órganos suelen ser estériles, pero no necesariamente al 100%. En teoría, estéril significa cero microbios, pero en la práctica, estéril significa que no se detectan microbios en las pruebas médicas habituales. Entonces, sí, puede haber pocos microbios en los tejidos sanos. Y hay muchos microbios en el intestino, en la saliva, en la piel como parte de la flora normal. Pero probablemente te estés preguntando si hay microbios "en los tejidos" no solo "en" la piel o en las cavidades del cuerpo.
correcto, estoy hablando de tejidos sólidos profundos como los músculos
@Gigiux Si no hay suficiente especificidad en su pregunta, de modo que necesita aclarar sus intenciones en los comentarios, su pregunta no es lo suficientemente específica y debe editarla.
Parece que esta pregunta también se hizo en ResearchGate. Ya hay algunas respuestas allí .

Respuestas (2)

Según mi comentario a la pregunta, aquí hay una respuesta a la misma pregunta formulada en ResearchGate :

La secuenciación del genoma completo de muestras de tejido humano a menudo da como resultado lecturas que se alinean con referencias bacterianas, y este es en realidad un método utilizado en el diagnóstico de enfermedades infecciosas.

Comprender las promesas y los obstáculos de la secuenciación metagenómica de próxima generación como herramienta de diagnóstico para enfermedades infecciosas

Identificación de microbioma de baja abundancia en muestras clínicas mediante secuenciación del genoma completo

Sin embargo, debido a que el ADN del patógeno puede estar presente en una abundancia mucho menor que el ADN del huésped, puede ser difícil distinguir las infecciones verdaderas de la contaminación y los falsos positivos. Steven Salzberg aborda estas preocupaciones y ofrece una solución computacional en una publicación reciente:

KrakenUniq: clasificación metagenómica segura y rápida utilizando recuentos únicos de k-mer

"Por lo general, la gran mayoría de las lecturas coinciden (típicamente 95-99%) con el host y, a veces, menos de 100 lecturas de muchos millones de lecturas coinciden con la especie objetivo. Las bacterias comunes de la piel del paciente o del personal de laboratorio y otros la contaminación de la recolección o preparación de muestras puede generar fácilmente una cantidad similar de lecturas y, por lo tanto, enmascarar la señal del patógeno".

Para ampliar esta respuesta, es importante darse cuenta de que la identificación precisa de organismos de baja abundancia en lecturas metagenómicas requiere muy buenos genomas de referencia. Un artículo separado del grupo de Salzberg analiza un descubrimiento sorprendente: muchas repeticiones de muchas copias en el genoma humano se han anotado incorrectamente como proteínas bacterianas en la base de datos NCBI RefSeq.

La contaminación humana en genomas bacterianos ha creado miles de proteínas espurias

Esto sugiere que los investigadores deben tener cuidado al intentar inferir la presencia de bacterias o fagos de baja abundancia en los datos de secuenciación de tejidos humanos, particularmente cuando la presencia de esos organismos no está corroborada por otros análisis.

NERVIOS y CEREBRO

Después de la infección de varicela, algunos virus del herpes viajan a lo largo de los nervios y pueden permanecer latentes en los ganglios de la raíz dorsal de los nervios espinales... pueden activarse más tarde y causar culebrilla .

Según ( jvi.asm.org ):

El virus del herpes simple 1 (HSV-1) establece latencia en las neuronas del cerebro y los ganglios sensoriales de humanos y ratones infectados experimentalmente.

DISCOS INTERVERTEBRALES

PubMed :

Nuestros hallazgos validaron aún más la presencia de bacterias anaerobias de baja virulencia en los IVD degenerados, y P. acnes fue la bacteria más frecuente.

lo siento, debería haber especificado que me refería a tejidos que no están directamente en contacto con el medio ambiente, como el cerebro y los músculos; la sangre no se incluye porque hay pruebas convincentes de virus en el torrente sanguíneo, como Anelloviridae.
OK, ¿qué pasa con el virus del herpes simple en los ganglios nerviosos después de la infección de varicela? Actualicé mi respuesta.
claro, los que conozco. Mis datos de WGS de tejidos indican la presencia de virus no humanos y muchos bacteriófagos. ¿Sería normal encontrarlos dentro de los tejidos?
La mayoría de las personas probablemente tengan el virus del herpes simple latente en sus nervios y, algunas, incluso en el cerebro, como escribí en mi respuesta. Otros posibles candidatos son Mycobacterium tuberculosis (en tuberculosis latente), virus de Epstein-Barr (en mononucleosis infecciosa crónica), Borrelia burgdorferi (enfermedad de Lyme). Quiero decir, estas bacterias pueden persistir dentro del cerebro, hueso u otros tejidos después de la curación. Se llama infección asintomática latente.
¿Se pueden encontrar bacterias y fagos en los tejidos?
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