Resultados de una secuenciación completa de ADN - ¿Son 100% reutilizables?

Una sola ejecución de secuenciación no cubrirá todo el genoma, en la mayoría de los casos. Es por eso que realizan varias rondas para aumentar la cobertura horizontal (que cubre más regiones del genoma) y vertical (también conocida como profundidad; más lecturas por locus para que pueda tener más confianza).

Editado por dd3: en los casos en los que "se descubre un nuevo gen", es decir, la nueva anotación del genoma, es posible volver atrás y mirar los datos de secuencia previamente almacenados para averiguar qué alelos tiene una persona (todos tienen todos los genes, a menos que tengan una deleción que abarca toda la longitud del gen). Este es un proyecto de bioinformática, y si está interesado en obtener más información, le recomendaría buscar publicaciones recientes sobre la reanotación del genoma y la reasignación de lecturas de secuencias.

Por lo general, no se recomienda la secuenciación del genoma completo para el pronóstico de una enfermedad específica como el cáncer de mama. El enfoque común es hacer una PCR de los loci de biomarcadores y, si es necesario, hacer una secuenciación de Sanger. Sin embargo, si tiene el dinero, puede realizar la secuenciación del genoma completo: P

El número de ejecuciones necesarias para aumentar la profundidad varía según las diferentes regiones genómicas. Este artículo dice que las islas CpG requieren más ejecuciones. Según este artículo , la profundidad debe ser >3 por marcador de genotipo.

¿Es correcto que una secuenciación completa del ADN (el genoma completo) solo debe realizarse una vez (por persona)?

Probablemente, sí. Pero creo que sobreestimas enormemente la frecuencia con la que se hace esto. Si alguien obtiene su ADN "secuenciado" en 23andMe, por ejemplo, no está secuenciando todo su genoma. Están obteniendo bits individuales que se cree que posiblemente sean secuenciados clínicamente relevantes. Es una tecnología diferente a la que usarías para obtener el genoma completo. Un genoma de mamífero completo es realmente grande, por lo tanto, algo costoso de secuenciar, y es en su mayoría ADN no codificante de relevancia cuestionable. Por lo tanto, puede simplemente genotipar las bases exactas de interés, o tal vez capturar el exoma, lo que le da la secuencia completa para el 1% o más del genoma que actualmente está anotado para codificar. Obviamente, ninguno de esos enfoques sería integral, por lo que es posible que desee rehacerlos en una fecha posterior con nuevas regiones de interés específicas.

Incluso si tuviera un genoma completo con la tecnología actual, en este momento tiene limitaciones, a saber, la longitud de lectura, que dificultan la resolución de ciertos detalles. Fácilmente podría ver a alguien que necesita rehacer un genoma usando una tecnología de lectura más larga, cuando llegue esa tecnología.

Además, en realidad no estamos descubriendo tantos genes nuevos. Ciertamente no los que codifican proteínas. Lo más probable es que descubramos que las variantes en este o aquel gen pueden ser clínicamente relevantes para algún parámetro de salud.

Aparte de lo que dijo WYSIWYG. También podría darse el caso de que necesite volver a secuenciar porque está interesado en ver los cambios que podrían haber ocurrido desde la última secuenciación. Recuerde que las células continúan dividiéndose y, por lo tanto, cambiando, por lo que el ADN es ligeramente diferente de una célula a otra (y de una población de células o tejidos a otra). La secuenciación de una sola célula ya casi está aquí. El ejemplo obvio aquí es un tumor. Ayuda a saber qué sucedió y, si es posible, detectar la mutación del controlador (o controladores) (las células cancerosas tienden a aumentar su tasa de mutación).