¿Por qué se dice que las bacterias no tienen orgánulos delimitados por membranas, cuando a menudo tienen uno o más flagelos?

El flagelo procariótico es muy diferente del flagelo eucariótico: no está rodeado por una biomembrana (como en los eucariotas) y su composición es distinta. En realidad, solo tienen en común el nombre y la función:

El término flagelo es ambiguo. Se refiere a estructuras bacterianas compuestas por proteína flagelina ya estructuras eucariotas compuestas por proteínas de microtúbulos.

Fuente: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7378551

Está claro que el flagelo procariótico es solo una estructura hecha de proteínas que cruza la membrana y crece fuera de ella, como se representa en esta imagen (observe el TEM en la parte inferior derecha):

En primer lugar, esto tiene cierta relevancia...

https://www.karger.com/Book/Home/258738 dice: "La visión tradicional de la biología divide a los organismos vivos en dos grupos principales, los eucariotas y los procariotas, los primeros tienen orgánulos unidos por membranas y los últimos carecen de ellos. Sin embargo , una investigación reciente ha revelado que este punto de vista es un error flagrante ". (así que ese es un enlace que confirma una de las cosas que decía la pregunta).

Sin embargo, un biólogo experto con el que hablé dijo que, de hecho, la distinción mencionada anteriormente entre procariotas y eucariotas es errónea, todavía hay distinciones, una distinción genética (hoy en día la distinción sería genética), y también una distinción observable que los procariotas no tienen núcleo y los eucariotas sí. Entonces, los términos procariotas y eucariotas siguen siendo relevantes y no erróneos.

Puede ser que los textos que dicen "orgánulos unidos a la membrana" puedan significar "orgánulos unidos a la membrana dentro del citoplasma". Pero parece que, como menciono más adelante, el flagelo de una bacteria no tiene membrana.

Ahora, para elaborar en respuesta a la pregunta en sí:

Hablé con un biofísico familiarizado con la microbiología, que parece bastante bien informado... y me dio una respuesta que fue directa al grano.

Dijo que el flagelo bacteriano no tiene membrana, y ninguno de sus intrincados componentes internos tiene membranas.

En cuanto a lo que los mantiene unidos (dado que no es una membrana), todo el material de los flagelos es proteína, que se mantiene unido con interacciones proteína-proteína, el mismo material que mantiene unidos todos los complejos de proteínas, como puentes salinos, efecto hidrofóbico, etc.

También la pregunta menciona esto

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3386205/ "Los cilios y los flagelos... son orgánulos delimitados por una membrana con una membrana única"

Parece que la declaración anterior es incorrecta o engañosa, consulte

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7378551

Los ondulípodos se definen como estructuras intracelulares intrínsecamente móviles que muestran una simetría de 9 veces en el patrón de disposición de los microtúbulos de 24 nm de diámetro. Se limitan a los eucariotas, miembros de los reinos protoctista, animal y vegetal".

El experto biólogo con el que hablé dijo entonces que la distinción entre eucariotas y procariotas en la actualidad se debe principalmente a la genética. Sin embargo, (como se mencionó), una distinción observable entre eucariotas y procariotas es que los eucariotas tienen un núcleo y los procariotas no tienen núcleo. Además, si alguna vez se descubriera que algún procariota tiene un núcleo, entonces requeriría una reorganización de los árboles filogenéticos. Además, mientras que los árboles filogenéticos usan el término eucariota, no tienden a usar el término procariota, aunque el término procariota sigue siendo relevante, y hay una organización llamada ICSP (Comité Internacional de Sistemática de Procariotas), que se ocupa de la Denominación de grupos de procariotas.

Además, aunque no me queda del todo claro si en algún momento hubo un cambio de características observables a características genéticas al determinar la diferencia entre eucariotas y procariotas, esta página menciona algo sobre el origen de los términos procariota y eucariota. Y entiendo por el biólogo conocedor con el que hablé que hoy en día la distinción es genética o principalmente genética. http://www.madsci.org/posts/archives/2000-04/956011333.Gb.r.html

agregado

He hablado con otro microbiólogo. Pensó que el término procariotas no es útil, no tiene una base evolutiva... Y al menos el término eucariotas, células con núcleo, las células pueden estar bastante relacionadas... Mientras que procariotas - células sin núcleo - es definitorio algo en parte por lo que no es, y no agrupa a los organismos filogenéticamente/evolutivamente. Procariota se refiere a bacterias y arqueas, ambas generalmente unicelulares. Pero las arqueas son evolutivamente y bioquímicamente más similares a nosotros (eucariotas) que a las bacterias. No hay ninguna razón válida para agruparlos con bacterias. Ni evolutivamente ni biológicamente. El desarrollo más reciente es que los eucariotas probablemente evolucionaron a partir de arqueas. Algunos modelos más nuevos muestran que el linaje eukarya tiene sus raíces en el linaje archaean. Todos ellos muestran que son Estamos más cerca que cualquiera de las bacterias, aunque eso está universalmente aceptado filogenéticamente y también citológicamente. Los tres dominios de la vida son bacterias, arqueas y eucariotas. Los eucariotas todavía tienen sentido como agrupación, ya que son un grupo de organismos más similares a ellos mismos que a las bacterias o las arqueas. Y de hecho están identificados genéticamente.