¿Por qué algunas aerolíneas cobran más por viajes de descanso?

Ese es el precio. Todo lo que sea menos de 24 horas no es una "escala" (a veces hay diferentes definiciones, pero para un itinerario internacional, 24 horas es la definición normal). Una parada de menos de 24 horas es solo una conexión (o, a veces, esto se denomina "escala"). Agregar una parada de más de 24 horas a menudo resulta en una tarifa de escala o en un cambio de precio completo a una tarifa o conjunto de tarifas de mayor precio.

Por supuesto, esto es deliberado. La razón por la que el precio es más alto es que el mercado lo tolerará (mucha gente quiere pasar un par de días en una ciudad importante) y el deber de la aerolínea es generar la mayor cantidad de dinero posible para sus propietarios.

Hay formas de encontrar buenas ofertas con escalas incluidas. Se han hecho otras preguntas sobre los itinerarios de varias ciudades, puede valer la pena mirar esas preguntas.

No tengo pruebas, pero esto es lo que siempre me han dicho:
Sí cobran más porque el mercado ha demostrado que la gente está dispuesta a pagar esos precios.

Las compañías que no cobran extra, entre ellas Icelandair, se basan en la idea de que más personas viajarán con ellas si pueden quedarse un día o un par de días en su país central.
Las otras compañías no ven viajeros adicionales o no los suficientes para compensar los ingresos extra de aquellas que pagan tarifas más altas.

• Las aerolíneas cobran más si creen que el mercado lo soportará, especialmente si sospechan que el cliente puede abusar de este precio para facturar equipaje en un boleto oculto de la ciudad.
• Es posible que se les solicite cobrar impuestos adicionales, si las regulaciones del gobierno local lo cuentan como dos vuelos en lugar de una transferencia.
• La aerolínea puede evaluar la situación y decidir que tiene costos adicionales (facturación adicional) y responsabilidades y aumentar los precios debido a eso.
• Es posible que la tarifa no esté disponible para las dos fechas que elija.