No soy biólogo, así que tengan paciencia conmigo para esta pregunta básica. Aunque intenté buscar en Google, estoy confundido.
¿Cuál es la diferencia entre plástido, cloroplasto y mitocondria?
Plástido es un término general para un orgánulo que consta de cloroplastos, cromoplastos, leucoplastos/amiloplastos y apicoplastos.
Los cloroplastos ( Cloro = verde ) están involucrados en la fotosíntesis; expresan clorofilas y tienen las estructuras tilacoides que están involucradas en la cadena de transporte de electrones que da como resultado la formación de ATP durante las reacciones luminosas de la fotosíntesis. Como es obvio, los cloroplastos se encuentran en las partes verdes de las plantas, como las hojas. Los cloroplastos también tienen las enzimas de las vías biosintéticas involucradas en la fijación de carbono.
Los cromoplastos ( Chromo = coloreados ) expresan más de otros pigmentos y menos de clorofila. Tampoco tienen estructuras tilacoides. Por lo tanto, no están involucrados en la fotosíntesis. Cuando los frutos maduran, los cloroplastos se diferencian en cromoplastos. Las flores también contienen muchos cromoplastos.
Los leucoplastos ( Leuko = blanco ) no tienen pigmentos y normalmente llevan a cabo procesos biosintéticos. Cuando almacenan almidón se les llama amiloplastos.
Los apicoplastos se encuentran en parásitos como los plasmodios (causan la malaria) y son vitales para su supervivencia. El Apicoplast está involucrado en rutas biosintéticas, pero se desconoce su importancia precisa.
La mitocondria es un orgánulo muy diferente y tiene un origen evolutivo diferente. Las mitocondrias, como los cloroplastos, producen ATP a partir de una cadena de transporte de electrones, pero utilizan sustratos químicos (NADH, flavina, etc.) en lugar de la luz como fuente de energía inicial. Se cree que las mitocondrias son el resultado de una endosimbiosis entre una célula eucariota ancestral y una -proteobacteria. Los cloroplastos, por otro lado, han descendido de un endosimbionte cianobacteriano. Por lo tanto, la estructura de las mitocondrias es muy diferente a la de los cloroplastos.
Los cromoplastos, leucoplastos, amiloplastos y apicoplastos han perdido la capacidad fotosintética. De manera similar, existen variantes de mitocondrias que usan diferentes aceptores de electrones (aparte del oxígeno) y algunas simplemente son incapaces de sintetizar ATP.
¿Hay alguna base de datos de secuencias de plantas para cada uno de ellos (plástidos, cloroplastos y mitocondiras)?
Base de datos del genoma del cloroplasto: {enlace}
No conozco una base de datos mitocondrial de plantas separada, pero puede ver este recurso llamado MitBASE .
NCBI también tiene las secuencias de ADN organelar.
¿Podemos separar como cloroplasto, mitocondria, secuencia platide del ensamblaje del genoma completo?
Por lo general, los genomas de los organelos se ensamblarán como contigs separados cuando se secuencie a partir de la preparación de ADN de la célula completa. Por homología es posible decir si el cóntigo es un ADN mitocondrial o de cloroplasto. Pero la mejor manera sería aislar experimentalmente los orgánulos y secuenciar su ADN.