Tengo un conjunto de edades de microARN con etiquetas correspondientes que sugieren de qué clado surgieron por primera vez. Por ejemplo, para hsa-mir-1, digamos, tendría una edad de Eutheria. Tengo varios picos en las distribuciones de mi edad. Una idea que tuve fue verificar si estos picos corresponden a períodos de especialización intensa. Por ejemplo, el clado Eutheria vio una gran diversificación de especies en relación con otros clados. Me gustaría determinar esto desde una perspectiva más computacional en lugar de buscar en Google cada clado.
Mi conjetura (ya que su pregunta necesita una gran edición) sería MiRdup .
Objetivos de MiRdup:
Validación de predicciones de pre-miRNAs
Predicción de miARN maduro
Resumen: Los microARN (miARN) son especies de ARN cortas derivadas de precursores de miARN formadores de horquilla (pre-miARN) y actúan como reguladores postranscripcionales clave. La mayoría de las herramientas computacionales etiquetadas como predictores de miARN son, de hecho, predictores de pre-miARN y no brindan información sobre la supuesta ubicación del miARN dentro del pre-miARN. La secuencia y las características estructurales que determinan la ubicación del miARN y la medida en que estas propiedades varían de una especie a otra son poco conocidas. Hemos desarrollado miRdup, un predictor computacional para la identificación de la ubicación más probable de miARN dentro de un pre-miARN o la validación de un miARN candidato. MiRdup se basa en un clasificador de bosque aleatorio entrenado con miARN validados experimentalmente de miRbase, con características que caracterizan el dúplex miARN-miARN*
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