Estoy visualizando datos estructurales en FSLVIEW, pero los planos sagital y coronal están al revés/no en la orientación convencional, es decir, girados 90º y 180º. Entiendo que esta vista al revés se debe a que las imágenes se muestran en el orden en que se almacenan en el disco, pero como necesito definir anatómicamente los ROI en mi estructura, sería más conveniente si el cerebro estuviera correctamente orientado.
¿Alguna idea sobre cómo rotar estas dos vistas? Las etiquetas de orientación reales (S/I, A/P) son correctas. ¡Gracias!
Totalmente fuera de mi alcance aquí, pero a juzgar por una búsqueda rápida en Google, este parece ser un problema común en FSL. Dijiste que este video de YouTube ayuda, así que eso es bueno... pero dado que usa un applescript, supongo que requiere Mac OS.
Dices que mri_convert de Freesurfer funciona en Linux usando este código:
mri_convert
--in_orientation [file's current storage order, e.g. LAS]
--out_orientation [desired storage order]
<in volume>
<out volume>
Simplemente fslreorient2stdorientará las imágenes como cabría esperar.
De https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/Orientation%20Explicado :
fslreorient2std: esta es una herramienta simple diseñada para reorientar una imagen para que coincida con la orientación de las imágenes de plantilla estándar (MNI152) para que aparezcan "del mismo modo" en FSLView.
nick stauner
FSL image_flip/check is an applescript that written to flip left and right orientation of group of brain images. It can be used as well for checking image orientation of group of images in sequence where presentation of each image lasts for a proper time (defined by user; 10 seconds as an example)." Si eso funciona, házmelo saber y lo volveré a publicar como respuesta.14GPC