Tengo que hacer un modelo de homología para una proteína transmembrana (canal de sodio) y ahora mismo estoy en el proceso de alinear las secuencias de la plantilla con las proteínas homólogas que he encontrado. Estoy usando T-Coffee para hacer la alineación. Me gustaría tener algunos descriptores numéricos de las diferentes secuencias y me han dicho que incluya el porcentaje de similitud e identidad. ¿Cómo puedo calcularlos? ¿Hay alguna herramienta en línea para hacer esto? Gracias.
Nunca he usado T-Coffee pero parece que la versión del servidor web te da una puntuación total así como también una puntuación para cada secuencia individual; ¿Sabes si esos números están relacionados con los descriptores numéricos que necesitas? Un buen lugar para comenzar sería leer la documentación . Otro buen lugar para buscar sería la página de Grupos de Google para T-Coffee .
camino_equivocado
David