¿Es "My Little Pony: La Magia de la Amistad" canon con Star Trek?

No canónicamente . Si bien la política de canon de Star Trek es vaga, y lo mejor que puedo encontrar está en wikipedia aquí o en la máquina de regreso del sitio oficial aquí , todavía está claro que los medios que no tienen la marca Star Trek están fuera desde incluso medios que no están necesariamente de moda. Dado lo que sabemos sobre Q, es ciertamente concebible que Q y discord sean el mismo ser; sin embargo, eso no lo requiere de ninguna manera.

Obviamente, como ya dijo sebsmith en su respuesta, los dos medios no pueden considerarse canónicos entre sí. Estamos hablando de dos espectáculos diferentes, con derechos de propiedad intelectual de dos entidades separadas. A menos que se hiciera algún tipo de acuerdo, sería imposible que cualquiera de los programas incorporara elementos del otro en su canon.

Dicho esto, me gustaría agregar algo que nadie más ha señalado. Que en realidad ha habido múltiples referencias en el MLP a Star Trek.

El más evidente se encuentra en el cómic principal, número 16. Aquí, las seis melenas viajan a través de diferentes historias mientras intentan atrapar a una criatura mágica que anda suelta. Una de las historias los coloca a bordo de una nave estelar muy familiar...

... Y algún tiempo después, Friends Forever #2 logró hacerlo mejor que eso. Los CMC todavía estaban tratando de ganarse su cutie mark y después de conocer a Discord en el Sweet Apple Orchard, deciden pedirle ayuda, con la esperanza de que el espíritu del caos pueda pensar en algo nuevo "que nunca hubieran pensado". Esto lleva a Discord a crear una especie de dimensión de bolsillo y hacer que el CMC (que inicialmente estaba aburrido de algunas de sus propuestas iniciales, como los domadores de leones o los bomberos) pase por una secuencia cada vez más extraña de realidades alternativas con cosas como El Señor de los Rings, programas de policías al estilo de los 80 y lo siguiente...

(De alguna manera no está claro si todos esos deben considerarse como realidades que Discord creó en función de la información que obtuvo en otro lugar o si deben considerarse realidades alternativas como las del arco de la historia de Reflection)

Como ya se dijo, ambas referencias realmente no prueban nada y no deben considerarse más que un pequeño guiño a los fanáticos de Star Trek, pero aún así es bueno saber que Discord ya cruzó la cuarta pared al menos una vez para señalar su Q "alter ego".

Creo que la respuesta aquí requeriría más comprensión sobre Q, pero no veo que estaría fuera de sus poderes cruzarse a sí mismo a una realidad paralela pero fundamentalmente desconectada, siendo la realidad MLP. Él bien puede estar limitado de manera diferente allí, y tiene que aparecer como un dragón, o puede ser su elección. O puede ser un Q que se encontró atrapado en este universo y no pudo regresar.

Lo que sea, incluso si Discord es una Q, si no hay conexión entre el universo MLP tal como es ahora y el universo Trek, y no ha habido nada en ninguna de las series, que yo sepa, que sugiera continuar el cruce, entonces hay no hay implicaciones canónicas. El hecho de que seres que pueden estar relacionados existan en dos universos PERO NO INTERACTUEN ENTRE SI, no debería implicar canonicidad, en mi opinión.

¿Q no dijo que era un dios (o al menos el espíritu embaucador como en la mitología de los nativos americanos) para varios planetas? Creo que Q fácilmente podría haber afirmado ser ese tipo de cosas para un planeta de ponis policromos. Y como dijiste, si ese es el caso, entonces las naves estelares podrían llegar a Equestria.