Equilibrio de Hardy-Weinberg generalizado para agregar consanguinidad (apareamiento no aleatorio)

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Citando del libro de Gillespie

El nivel de consanguinidad se mide por el coeficiente de consanguinidad, F I , que es la probabilidad de que dos alelos en un individuo sean idénticos por descendencia.

Los dos alelos posibles son A 1 y A 2 y sus frecuencias son pag y q = 1 − pag , respectivamente. Gillespie continúa y da las frecuencias de genotipo esperadas dadas pag (y q ) y F I

GRAMO mi norte o t y pag mi A 1 A 1 A 1 A 2 A 2 A 2 F r mi q tu mi norte C y pag 2 ( 1 − F I ) + pag F I 2 pag q ( 1 − F I ) q 2 ( 1 − F I ) + q F I

Pregunta

¿Puede ayudarme a entender por qué esas son las frecuencias de genotipo apropiadas?

Ejemplo de lo que no me queda claro

Por la definición de F I , esperaba que la frecuencia de ` A 1 A 2 (y A 2 A 1 ) sería ( 1 − F I ) , que es la frecuencia (o probabilidad) de que dos alelos en un individuo no sean idénticos por descendencia. Siento que la definición dada arriba es incorrecta. ¿Debería ser más bien algo así como el peso para muestrear individuos similares? Es decir, si hubiera sólo dos parejas posibles, una que es A 1 A 1 y uno que es cualquiera A 1 A 2 o A 2 A 2 , entonces la probabilidad de que A 1 A 1 individuo para aparearse con el otro A 1 A 1 es F I .

Respuestas (1)

Estás confundido porque no logras distinguir entre 'idéntico' e 'idéntico por descendencia'. Algunos pares de alelos seguirían siendo idénticos incluso en ausencia de endogamia.

Modelamos la consanguinidad clasificando los pares de alelos como BID - siempre homocigotos - o no BID - distribuidos según Hardy Weinberg. La frecuencia de un par de alelos que son A 1 ,A 2 (o A 2 ,A 1 ) es, por lo tanto, la frecuencia bajo HWE (2pq) multiplicada por la posibilidad de que NO sean IBD (1-F I ). Y a la inversa, un par puede ser homocigoto y no IBD - en la frecuencia p 2 (1-F I ), o porque son IBD - en la frecuencia p F I .

+1 ¡Oh... está bien! Esto es un poco perturbador para mí. El concepto de EII depende de un tiempo arbitrario en el pasado más allá del cual, si se produce la coalescencia, todavía llamamos a los dos alelos IBS (idénticos por estado) y no IBD (podría citar a Hartl y Clark , creo, pero no tengo el libro conmigo hoy). ¿Tengo razón?
Sí, pero estos modelos son solo aproximaciones simples. Conceptos como el tiempo y la coalescencia ni siquiera existen el mundo binominal perfecto de Hardy Weinberg :)
De acuerdo. No me siento 100% claro con las definiciones de IBD y IBS, así que acabo de abrir "Identity By Descent vs Identity By State" . Gracias por tu ayuda
Equilibrio de Hardy-Weinberg generalizado para agregar consanguinidad (apareamiento no aleatorio)
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