El logo que hice en Illustrator cambia cuando lo guardo en PDF

He hecho esto cientos de veces. La letra gruesa "I" se debe a que:

1. es un trazo (no un relleno) en Illustrator. Necesita convertir eso en contornos (o expandir fille/stroke); o
2. la forma del vector no es un camino cerrado. Puede saber si un objeto no es un camino cerrado con la herramienta de flecha abierta (seleccione un ancla e intente moverlo).

Déjame saber si eso funciona.

Las líneas finas en los logotipos vectoriales no se verán bien en los monitores de las computadoras al reducirlas o al alejarlas. La razón de esto es que todas las imágenes deberán representarse como píxeles en una pantalla. Esta es la razón por la que no debe diseñar logotipos con líneas muy finas para usar en dispositivos informáticos si tiene la intención de hacerlos más pequeños.

Tienes algunas elecciones que hacer. Deje el diseño como está, viva con él y evite los tamaños pequeños. O aumentar el grosor de las líneas, para que se vea bien en un tamaño pequeño. No hay absolutamente ninguna razón por la que no pueda tener dos versiones del mismo logotipo, una para tamaños/impresión más grandes y otra para tamaños más pequeños en la pantalla.

Cambiar zoom. Notarás que la borrosidad cambia y el grosor del I se pierde.

Todo se debe a dos cosas.
Primero: el lector generalmente engrosa las letras I (I grande) o l (L pequeña) para que sean visibles.
Segundo: la borrosidad se debe a la diferencia entre que la línea vectorial "no es compatible con píxeles". El borde de la línea cae en medio del píxel. Y debido a que no es así como funcionan los píxeles, la negrura de la línea y la blancura del fondo crean esos píxeles grises. Es por eso que su logotipo debe estar preparado para la pantalla.