Estaba mirando este documento que habla sobre los errores de cálculo en las matrices BLOSUM y cómo la matriz BLOSUM62 "incorrecta" funciona mejor que la versión corregida. Estaba tratando de encontrar la versión corregida de la que hablan para experimentar, pero el enlace que enumeran en el documento parece muerto.
¿Alguien sabe dónde puedo encontrar la matriz corregida de la que hablan los autores? (preferiblemente una versión que enumere frecuencias en lugar de puntajes)
Bien, le envié un correo electrónico al Dr. Mark Styczynsk (uno de los autores) para preguntar sobre un enlace a la matriz. Aquí están los enlaces que me dio:
http://web.mit.edu/bamel/blosum/revised_blosum.c
http://web.mit.edu/bamel/blosum/original_blosum.c
http://web.mit.edu/bamel/blosum/RBLOSUM64 (isentrópico con BLOSUM62)
http://web.mit.edu/bamel/blosum/RBLOSUM62 (no es isentrópico, pero es 62)
El primer enlace es al código c para generar el BLOSUM corregido. Según Mark, simplemente reemplazando el archivo c original en el tarball BLOSUM original con el archivo c revisado puede generar la matriz corregida para cualquiera de los BLOSUM (30, 50, 92). Todavía no lo he probado yo mismo.
Su pregunta dificulta la comprensión de lo que está buscando, así que espero que estos dos enlaces le proporcionen los datos deseados.
0. Un enlace de origen al documento en cuestión y su archivo complementario .
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