¿Cómo puedo alinear más de 2 secuencias localmente?

ClustalW y Omega de EBI y Blast de NCBI, ambos alinean secuencias globalmente. Smith Waterman de EBI alinea secuencias localmente, pero trabaja con solo dos secuencias. ¿Cómo puedo alinear más de 2 secuencias localmente?

Respuestas (3)

Tienes que hacerlo por parejas (no hay otra opción).

Puedes hacer eso con BLASTo incluso SSEARCH(Smith-Watermann). Si tiene un fastaarchivo de sus secuencias, haga esto:

  • haga un índice de sus secuencias usandomakeblastdb -dbtype nucl -in <yourfastafile> -out <yourdbindex>
  • Ejecute BLASTcon su <yourfastafile>entrada y <yourdbindex>como base de datos con los parámetros deseados. Esto hará una alineación por pares entre todas las secuencias.

Se puede utilizar una estrategia similar para SSEARCH.

Solo uso software y sitios basados ​​en GUI. ¿Qué son estos códigos?
@StackUnderFlow Este es el comando para ejecutar blasten la línea de comandos (terminal UNIX o símbolo del sistema de Windows). blastno tiene una GUI o incluso si la hay, nunca la he usado. Es mucho mejor escribir comandos (ahorra RAM y también te permite algo de automatización)
Las diversas herramientas BLAST basadas en la web son básicamente una GUI para BLAST.
@terdon Ohh, sí, eso es cierto, pero no dan muchos controles.
Más de lo que piensas. La explosión de NCBI le permite configurar cosas como valor electrónico, penalización por brecha, puntajes de coincidencia/desigualdad, filtrado de baja complejidad. Eso es más que suficiente para el 99% de los usos.

Incluso el agua (en EBI en sí) es una herramienta de alineación local para la alineación de secuencias múltiples. También en BLAST obtienes bla2seq, que también se usa para la alineación por pares. En cualquiera de estas herramientas, solo tiene que ingresar secuencias FASTA (cualquier número que desee) o cualquier secuencia con el signo> y ejecutarla contra el tema (base de datos o su secuencia requerida). Si desea ver los resultados de toda la alineación en una pantalla, una herramienta como BioEdit sería ideal. Espero que esto sea útil, no soy un experto en bioinformática, así que siéntete libre de corregirme :)

Gracias, pero esas herramientas son para la alineación por pares, pero necesito una herramienta de alineación múltiple que alinee secuencias localmente

Yo uso Jalview, que es un pequeño programa escrito en Java. Es fácil de usar y puede hacer muchas cosas. Está basado en servicios web y tiene 7 servicios diferentes integrados solo para la alineación de secuencias. Puede cargar sus secuencias desde muchos formatos de archivo u obtenerlas por ID de referencia. Es realmente una pequeña navaja suiza. Realmente recomiendo echarle un vistazo. Está disponible en http://www.jalview.org/ .

EDITAR:

Es posible que me haya perdido la parte de alineación local antes, pero investigué un poco y descubrí que MULAN (herramienta de visualización de conservación y alineación local de secuencia múltiple) puede ser lo que está buscando.

Artículo de PMC de Mulan, y el manual de Mulan.

Gracias y ¿dónde está la alineación local múltiple en jalview?
Es posible que @StackUnderFlow Jalview no tenga lo que necesita, pero edité mi respuesta y encontré Mulan que podría satisfacer sus necesidades.
jalviewno es para alineaciones locales.
Sí, sé que por eso edité mi respuesta, pero tal vez elimine esa parte, para que no sea engañosa.
¿Cómo puedo alinear más de 2 secuencias localmente?
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