Mis objetivos son utilizar una herramienta web gratuita para:
Desafortunadamente, cuando traté de hacer esto usando la herramienta CRISPOR , el "Estado del trabajo" nunca avanzó más allá de la etapa "En espera", incluso después de 10 minutos. Se adjunta una captura de pantalla para mostrar lo que veo.
Específicamente, utilicé la siguiente configuración en mi consulta:
Llamé a mi secuencia:
Mm Acaca block2
de la alineación BLAT
En el "Paso 1" envié esta secuencia:
aactaaatct ccagcatctc catccccttc ttaggtttat ttattttatg ggtatgagtg
tatgtccgtg caccacatgt gtgcctggtg tctaccaagg taagtagagg tatacaaacc
cttggaattg aattatccac catgccgtca ggtgctggga gcaaattcag gtcctctttt
agagcagcaa gtatttccag ccacttagtc acctctgcag ccccttattt tcacagtctt
gagacaagaa tctcactctt tagcccatat tggcctggaa ctttaggcag tcctgccgga
gtttcagact gctgggatga caggcctgac ccattacgtc cactaaggat ggtttccttt
cctgtgagct agcagcatgt agactccaca aggctcctgg ggaagtgttg ttatagtatg
ttatagtata gttgcgaaag gaaggttttc agaagatatg ggtattacga agaaattcta
tgtaaagttt cttttggatt ctctgtttgt atAGATCCAG CATGTCTGGC TTGCACCTAG
TAAAACAAGG TCGAGACAGA AAGAAAATAG ACTCACAACG AGATTTCACT GTGGCTTCTC
CAGCAGAATT TGTTACTCGT TTTGGGGGAA ATAAAGTAAT TGAGAAGgta agttaaactt
actaaactat ttcgcttgaa gtatgtgaga tttcatgcct agatttgttg tttctgttca
aaaggatatt taggttttta gggactttgc ctttttatgc agggctatcc tttctgtctc
cctagcatgt tactaataca taatctcact gtgtacctgt gtttttacat
En el "Paso 2" seleccioné:
Mus musculus- Mouse- UCSC Dec. 2011 (GRCm38/mm10)...
En el "Paso 3" seleccioné:
TTTN-23bp - Cpf1 Acidaminococcus / Lachnospiracea
Mis preguntas son las siguientes:
ACTUALIZACIÓN : Le envié un correo electrónico a la gente de CRISPOR y me informaron que el sitio había estado caído, pero desde entonces lo han reiniciado. Con suerte, su reinicio es suficiente, pero dejaré mi pregunta con la esperanza de que otros puedan indicarme más herramientas web.
La mayoría de las herramientas en línea solo lo ayudarán a diseñar gRNA para Cas9 porque es la que se usa con más frecuencia. Encontré una suite en línea llamada herramientas RGEN que también tiene una opción para AsCpf1.
Sin embargo, si no lo encuentra satisfactorio, mi sugerencia es que diseñe su gRNA manualmente o escriba su propio script (que no será tan complejo).
usuario7875084