¿Herramienta web para diseñar ARN guía (ARNg) para usar con CRISPR-AsCpf1?

Mis objetivos son utilizar una herramienta web gratuita para:

  1. Identifique los ARN guía (secuencia de repetición directa seguida de la secuencia de orientación) apropiados para usar con AsCpf1 a fin de dirigirse a un segmento específico de ADN genómico .
  2. Estime la eficiencia y la especificidad del uso de los ARN guía identificados por la herramienta.

Desafortunadamente, cuando traté de hacer esto usando la herramienta CRISPOR , el "Estado del trabajo" nunca avanzó más allá de la etapa "En espera", incluso después de 10 minutos. Se adjunta una captura de pantalla para mostrar lo que veo.

Específicamente, utilicé la siguiente configuración en mi consulta:

Llamé a mi secuencia:

Mm Acaca block2de la alineación BLAT

En el "Paso 1" envié esta secuencia:

aactaaatct ccagcatctc catccccttc ttaggtttat ttattttatg ggtatgagtg  
tatgtccgtg caccacatgt gtgcctggtg tctaccaagg taagtagagg tatacaaacc  
cttggaattg aattatccac catgccgtca ggtgctggga gcaaattcag gtcctctttt  
agagcagcaa gtatttccag ccacttagtc acctctgcag ccccttattt tcacagtctt  
gagacaagaa tctcactctt tagcccatat tggcctggaa ctttaggcag tcctgccgga  
gtttcagact gctgggatga caggcctgac ccattacgtc cactaaggat ggtttccttt  
cctgtgagct agcagcatgt agactccaca aggctcctgg ggaagtgttg ttatagtatg  
ttatagtata gttgcgaaag gaaggttttc agaagatatg ggtattacga agaaattcta  
tgtaaagttt cttttggatt ctctgtttgt atAGATCCAG CATGTCTGGC TTGCACCTAG  
TAAAACAAGG TCGAGACAGA AAGAAAATAG ACTCACAACG AGATTTCACT GTGGCTTCTC  
CAGCAGAATT TGTTACTCGT TTTGGGGGAA ATAAAGTAAT TGAGAAGgta agttaaactt  
actaaactat ttcgcttgaa gtatgtgaga tttcatgcct agatttgttg tttctgttca  
aaaggatatt taggttttta gggactttgc ctttttatgc agggctatcc tttctgtctc  
cctagcatgt tactaataca taatctcact gtgtacctgt gtttttacat 

En el "Paso 2" seleccioné:

Mus musculus- Mouse- UCSC Dec. 2011 (GRCm38/mm10)...

En el "Paso 3" seleccioné:

TTTN-23bp - Cpf1 Acidaminococcus / Lachnospiracea

Mis preguntas son las siguientes:

  1. ¿Debo hacer algo diferente para usar la herramienta CRISPOR para mis objetivos?
  2. ¿Hay otras herramientas web gratuitas disponibles para lograr los objetivos que describí anteriormente?

ACTUALIZACIÓN : Le envié un correo electrónico a la gente de CRISPOR y me informaron que el sitio había estado caído, pero desde entonces lo han reiniciado. Con suerte, su reinicio es suficiente, pero dejaré mi pregunta con la esperanza de que otros puedan indicarme más herramientas web.

Tecnología nítida. Es genial. Me preguntaba si no le importaría explicar un poco acerca de la tecnología y el proceso descrito anteriormente.

Respuestas (1)

La mayoría de las herramientas en línea solo lo ayudarán a diseñar gRNA para Cas9 porque es la que se usa con más frecuencia. Encontré una suite en línea llamada herramientas RGEN que también tiene una opción para AsCpf1.

Sin embargo, si no lo encuentra satisfactorio, mi sugerencia es que diseñe su gRNA manualmente o escriba su propio script (que no será tan complejo).