Dificultades para entender un camino [cerrado]

Entonces, si está leyendo el diagrama de flujo, es importante comprender la notación de las flechas:

• Tenemos rectángulos alrededor de los productos genéticos.
• Hay un círculo, indicado por el ADN, que indica que las proteínas expresan el producto que sigue a través de la interacción con el ADN.
• La línea sólida con punta de flecha significa que hay algún tipo de interacción
• La línea continua con la cabeza roma o en T significa que esta vía o interacción ha sido anulada de alguna manera.
• La línea sólida con la barra inclinada que la atraviesa significa que falta alguna interacción que no vemos
• La +p significa fosforilación
• La doble línea continua a la izquierda es la membrana plasmática, mientras que la línea punteada en el centro de la figura es la envoltura nuclear.
• La línea punteada significa un efecto indirecto.

Fuente: http://www.genome.jp/kegg/document/help_pathway.html

La vía es bastante amplia pero proporciona algunos mecanismos para la tumorigénesis desde dos puntos de vista: inestabilidad cromosómica e inestabilidad de microsatélites . Las vías que estamos viendo promueven el desarrollo del tumor mediante la regulación positiva de las señales de proliferación y la regulación negativa de las vías de apoptosis . Es probable que haya más, especialmente porque vemos a otros jugadores involucrados cuando nos metemos en casos como metástasis como snail1/2, Met, Src, etc. A continuación se muestra una encuesta de las vías apoptóticas de Nature, con pro-apoptótico en rojo, y pro-supervivencia en verde:

Fuente: http://www.nature.com/reviews/poster/apoptosis/index.html

Ignorando la jerga de la orientación terapéutica, puede ver que cuando los factores de crecimiento se unen, la célula generalmente empuja hacia un estado de supervivencia. Cuando los factores de muerte se unen o algo sale mal, la célula empuja hacia un estado apoptótico. Los cánceres, sin embargo, están intrínsecamente desregulados :

Tienen métodos para traspasar sus límites como células, que es lo que los hace problemáticos. Sin embargo, la conclusión general que sacaría de esa vía KEGG es que muchas vías deben desregularse para terminar con tumores colorrectales, y el método de desregulación es (a) reparación de desajustes modulados a la baja, y (b) aberraciones cromosómicas debido a duplicación, etc. Y teniendo en cuenta el cuadro de oncogenes vs supresores de tumores en la esquina: " Una diferencia importante entre los oncogenes y los genes supresores de tumores es que los oncogenes resultan de la activación (encendido) de los protooncogenes, pero los genes supresores de tumores causan cáncer cuando están inactivados (apagados) "

Los caminos en biología son muy difíciles de interpretar sin ser un experto en el tema. Aquí hay un enlace a la notación gráfica estándar para redes biológicas que podría ayudarlo a comprender la notación utilizada.

Pathway generalmente se basan en evidencias de vínculos entre los jugadores. Estos enlaces no requieren ser encontrados usando una técnica en particular. Esas evidencias podrían provenir de estudios de asociación del genoma completo (GWAS), RNA-seq, ensayos funcionales, ensayos basados ​​en receptores, datos clínicos, etc., solo por citar algunos.

Por ejemplo, la ruta MAPK se relacionó con el cáncer colorrectal a través de experimentos de expresión génica, como se muestra aquí . Se sabe que la vía MAPK influye en la proliferación celular y, por lo tanto, contribuye al desarrollo del cáncer colorrectal, pero si no sabe lo que hace la vía MAPK al principio, es difícil comprender la imagen completa.