Me gustaría preguntar la diferencia entre el conjunto de datos específico de hebra y no específico de hebra.
Hasta donde yo sé, los datos específicos de cadena significan que sabemos de qué cadena proviene la transcripción.
No tengo antecedentes biológicos. Por favor, confirme si es correcto. Si tenemos una transcripción, que es de cadena sentido, cuando RNA-seq está produciendo lecturas, es que primero se sintetiza el cDNA. ¿Entonces este cDNA se usa para PCR para amplificar la muestra? Entonces, ¿las lecturas generadas podrían ser de ambas cadenas del ADN original?
Para los protocolos específicos de hebra, ¿qué es diferente?
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Hacer un seguimiento.
Por favor, corríjame si estoy equivocado. Existen múltiples protocolos para producir bibliotecas de RNA-seq específicas de cadena. El proceso básico es como:
El resultado es que las lecturas de este ARN se pueden usar para ensamblar el ADNc sentido. Y para las bibliotecas no específicas de cadena, el uso de las lecturas podría ensamblar tanto el ADNc antisentido como el sentido.
¿Tengo razón sobre este problema? Gracias.
Puede valer la pena consultar el documento " Análisis comparativo completo de métodos de secuenciación de ARN específicos de hebras ".
Las técnicas más comunes ligan secuencialmente diferentes adaptadores de ARN a los extremos 5' y 3' de cada molécula de ARN antes de la síntesis de ADNc. Terminarás con una molécula de ARN que se ve así (donde A y B son los dos adaptadores):
5'-AAAAAA---------------BBBBBB-3'
Estos adaptadores se utilizan luego para la síntesis de ADNc y la preparación de bibliotecas. Finalmente, dado que cada adaptador está ligado a un extremo específico del ARN, la biblioteca se puede generar de una manera específica para el soporte; es decir. las lecturas derivadas de la hebra antisentido deben alinearse con la hebra antisentido del genoma.
** Tenga en cuenta que existen otras variaciones de esta técnica, pero el protocolo de Illumina es uno de los más populares.
Michael Kuhn