En primer lugar, debo decir que no tengo experiencia en biología ya que soy estudiante de informática. Actualmente, para mi investigación necesito utilizar algunas de las bases de datos relacionadas con la bioinformática ( modENCODEy NCBI-GEO). Actualmente, estoy buscando datos de RNA-Seq y encontré el siguiente en el sitio web modENCODE que está almacenado en la base de datos NCBI-GEO. Datos de secuenciación de ARN
En la parte de descripción del mismo, está escrito que:
Gusanos L1 sincronizados cultivados a 25 ° C durante aproximadamente 91 horas hasta un punto en el que ~ 100 % de los gusanos son resistentes al tratamiento con SDS al 1 %. Secuenciación Illumina de C. elegans dauer daf-2(el370) muestra 2-1 DauerDAF2-2-1 biblioteca de fragmentos aleatorios polyA+ RNAseq Esta muestra está disponible a través de modENCODE DCC (www.modencode.org) como: DauerDAF2-2-1 Local nombre de la biblioteca: DauerDAF2-2-1 Los valores de calidad están codificados en ASCII Phred + 33.
Con respecto a este párrafo, quiero preguntar qué es C. elegans dauer daf-2(el370). He buscado en Internet y he encontrado que daueres una especie de etapa de desarrollo de C. elegans . Sin embargo, no pude encontrar ninguna información sobre la daf-2(el370)parte (en realidad, todo lo que encontré fue que daf-2 es el nombre de un gen de C. elegans ). En realidad, mi principal preocupación es si estos datos de RNA-Seq contienen el transcriptoma completo de C. elegans o solo contienen mRNA relacionados con el gen daf-2.
¿Ya has descubierto la base de gusanos ? Se convertirá en tu nuevo mejor amigo. En los gusanos, los nombres de los genes reflejan el fenotipo de pérdida de función (lf). Daf significa "formación anormal de DAuer", por lo que daf-2 fue el segundo gen daf identificado ( ref ). Las mutaciones se denominan alelos y cada gusano de laboratorio tiene su propia designación de alelo. e era para Inglaterra y en la lista de cepas de ese laboratorio, el alelo daf-2 ocupaba el puesto 1370 en su lista. Entonces, la designación daf-2 (e1370) significa que la cepa porta una mutación lf en el gen daf-2 , y el alelo específico es uno que se aisló en Cambridge, Reino Unido. Creo que el alelo es sensible a la temperatura ( ts) dauer-constitutivo. Entonces, a 25 ⁰C, el 100 % de los animales estaban muertos. Fue entonces cuando recolectaron el ARN. Es el transcriptoma completo. Parece que puede estar familiarizado con modENCODE Data Warehouse . Todavía puede hacer preguntas sobre los conjuntos de datos de modENCODE en help@modencode.org . Si bien el Centro de coordinación de datos modENCODE se suspendió al final del período de financiación de los NIH, hay algunas personas que aún envían consultas como la suya al servicio de asistencia técnica. Además, en el futuro, el nuevo ENCODE DCC se ha hecho cargo de la conservación de los metadatos modENCODE de archivo.
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