¿De dónde vienen los Minions?

Puede explorarse en Minions (película), que puede actuar como una precuela o un derivado de la franquicia Despicable Me que se lanzará en 2015, según la descripción de la película en Wikipedia que dice:

Los Minions son secuaces amarillos que han existido desde el principio de los tiempos, sirviendo a los villanos más ambiciosos de la historia.

Actualización: Según entonces Minions (película)

Los Minions son pequeñas criaturas amarillas que han existido desde el principio de los tiempos, evolucionando de organismos unicelulares a seres que existen solo para servir a los amos más despreciables de la historia.

_{Nota: copiado de mi propia respuesta de Movies & TV Stackexchnage.}

El cortometraje "Minions : Orientation Day" explica que todos los minions son

[genéricamente] diseñado a partir de la misma hebra de ADN mutado.

Como ha señalado @DaveJOhnson, esto se contradice con el último tráiler de Minions (2014), que muestra que los minions existieron desde la época de los dinosaurios, hace más de 200 millones de años.

Los minions posiblemente están hechos de humanos por un rayo que convierte a los humanos en minions como se ve en el paseo Minions Mayhem en Universal Studios. Esto generalmente se considera no canónico (o simplemente algo que Gru inventó para el propósito expreso del viaje).

Sin embargo, uno de los cortometrajes (en Orientation Day) sugiere que están hechos de una sola hebra de ADN mutado.

Referencia: Despicable Me Wiki

No, evolucionaron naturalmente.

Una descripción de la película explica que surgieron a través de la evolución, pero es escasa en detalles:

Los minions han existido desde el principio de los tiempos. Han evolucionado de organismos de una sola célula (amarilla) a los seres familiares que conocemos.

El título de la película incluye pequeñas células amarillas que mutan gradualmente en formas familiares de Minion. Estas células se representan siguiendo una serie de organismos más grandes (a medida que evolucionan), presumiblemente ayudándolos y apoyándolos en lo que sea que hagan.

Al final de la película, se aclara que no fueron creados por Gru, porque

Conocen y siguen a Gru cuando roba la corona de la Reina, pero han estado activos mucho antes de conocerlo.

Como vemos en el tráiler de la nueva película, llevan en el planeta millones de años. La película en sí puede o no entrar en más detalles, ya que el tráiler da la impresión de que la mayor parte de la película tiene que ver con cómo llegaron a trabajar para Gru.

Los minions provienen de organismos unicelulares amarillos que se crearon en el océano. Muchos animales se originaron en el océano, por lo que no es una sorpresa verlos salir también, en la popular película Minions. Al comienzo de la primera película, cuando aparecen los créditos iniciales, muestra cómo evolucionan de ser cilindros redondos a tener pequeños brazos y piernas colgantes, luego tienen uno o dos ojos con gafas protectoras, y así sucesivamente hasta que se detienen en la normalidad habitual: pequeños secuaces.

Al principio pensé que eran extraterrestres porque en la segunda película fueron secuestrados por el OVNI, pero luego la película me refutó. Creo que se cultivaron a partir de una célula de ADN o podrían haber sido una prueba de laboratorio fallida, pero es posible que a Gru le hayan gustado o algo en esa categoría.

Lo leí en una Revista que son maíces genéticamente modificados. Esa explicación encaja perfectamente con su forma y color.

*Gru le pregunta a uno de los minions "¿Cómo está la familia?". ¿Los Minions pueden tener familias?

*Bueno, dado que todos los minions provienen del mismo ADN y comparten un 'padre' (Gru), podrían considerarse 'hermanos' entre sí. Eso o los minions están todos asignados a "unidades familiares" arbitrarias de alguna manera.

* Se supone que son maíz modificado genéticamente. ¡No familias, sino mazorcas!

http://tvtropes.org/pmwiki/pmwiki.php/Headscratchers/DespicableMe