¿Cuál es la diferencia entre un árbol de especies, un árbol de genes y un árbol filogenético?

He encontrado sitios web y libros de texto en desacuerdo sobre esto. Por ejemplo,

Las filogenias también se conocen como "árboles de especies"...

http://biologos.org/blogs/dennis-venema-letters-to-the-duchess/evolution-basics-species-trees-gene-trees-and-incomplete-lineage-sorting/

y

Es bien sabido que un árbol filogenético (árbol de genes) construido a partir de secuencias de ADN para un locus genético no coincide necesariamente con el árbol que representa el camino evolutivo real de las especies involucradas (árbol de especies)...

http://mbe.oxfordjournals.org/content/5/5/568.abstract

Aunque la segunda fuente, al ser de una revista, parece ser más confiable, mi pensamiento original fue que los árboles filogenéticos muestran las relaciones evolutivas entre las especies y, por lo tanto, son árboles de especies en lugar de árboles genéticos.

Cualquier aclaración sobre el tema sería muy apreciada.

Todos son árboles de distancia donde los nodos representan cosas diferentes y las medidas de distancia también son diferentes. Puede hacer un dendrograma usando (correlación 1) como distancia, o usando la distancia euclidiana. También puede hacerlo utilizando medidas de distancia específicas de nt, como la distancia kmer. En las redes, puede hacer árboles a partir de algo llamado distancia de superposición topológica. Se pueden utilizar las medidas de distancia que cree que satisfagan las reglas de una medida de distancia. Además, también pueden usar diferentes técnicas de agrupación.

Respuestas (1)

árbol filogenético

Un árbol filogenético es un árbol que muestra la relación entre linajes. Estos linajes pueden calcularse para el ADN de todo el genoma o de un solo gen. Como tal, el término árbol filogenético es general.

árbol de genes vs árbol de especies

Si calcula un árbol filogenético, a partir del ADN de todo el genoma, entonces está calculando un árbol de especies (aunque algunos linajes hermanos podrían no encajar perfectamente en la definición de especie). Si el árbol filogenético se calcula a partir de datos provenientes de un solo gen, entonces estamos hablando de un árbol genético.

¿Por qué un árbol de genes no coincidiría con un árbol de especies?

Pero un árbol de genes no es solo un árbol de especies con menos datos. Hay razones por las que un árbol genético puede no coincidir con un árbol genético. Los genes pueden duplicarse dentro de un genoma dado. Los dos genes duplicados son libres de evolucionar de forma independiente desde la división. Todos los linajes descendientes heredarán estos dos genes, pero si asigna las dos copias diferentes del gen (rojo y verde a continuación) en dos clados hermanos, serán mucho más diferentes que las dos mismas copias (digamos, la copia verde) en dos especies lejanamente emparentadas. Aquí hay una imagen para mostrar que

ingrese la descripción de la imagen aquí

Además, las copias de los genes se pueden eliminar más adelante y puede haber una transferencia horizontal de genes. Por todas estas razones, el árbol filogenético de un gen bien podría ser muy diferente del árbol filogenético de las especies.

A continuación se muestra un árbol de genes y las especies asociadas en las puntas. Tómese el tiempo para dar sentido a lo que está pasando en la imagen.

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¿Qué es exactamente un árbol de especies?

Uno podría llamar a un árbol de especies como una especie de árbol promedio entre todos los árboles de genes.

¿Cuál es la diferencia entre un árbol de especies, un árbol de genes y un árbol filogenético?
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