Si un individuo tiene un nuevo cromosoma, lo que es muy poco probable que suceda, no tendrá suerte en encontrar una pareja sexual con este mismo rasgo. ¿Cómo heredará la descendencia este rasgo? Y dado que los cromosomas extra/menos son a menudo rasgos indeseables (por ejemplo, el síndrome de Turner), ¿cómo puede propagarse?
Supongo que los humanos y las ratas tienen un número diferente de cromosomas, por lo que un ancestro común debe dar un linaje en el que algunos individuos tenían un número diferente de cromosomas que sus padres.
Tienes razón en que es poco probable que una persona con un número anormal de cromosomas encuentre una pareja "igual" con la que aparearse. Sin embargo, esto no evita que se propague una aberración cromosómica, y no es necesario que la mutación sea inicialmente beneficiosa para que se propague. Si bien es cierto que muchas aberraciones cromosómicas pueden ser perjudiciales y causar varios síndromes, una división o multiplicación cromosómica también puede ser neutral, excepto por el tema de la reproducción. Un cambio en el número de cromosomas no se heredará de forma determinista, pero puede dar lugar a varias permutaciones nuevas en la descendencia debido a la mecánica de la segregación cromosómica durante la meiosis.
Puede encontrar una buena explicación en Scienceblogs.com: http://scienceblogs.com/pharyngula/2008/04/21/basics-how-can-chromosome-numb/ :
El resultado neto [de una división cromosómica] es que, aunque este individuo está bien y saludable, una cantidad significativa de sus gametos pueden tener errores cromosómicos graves, lo que significa que pueden tener una fertilidad reducida. Sin embargo, no son estériles; algunos de sus gametos tendrán el complemento completo de genes y, de manera similar, pueden producir nuevos individuos sanos que probablemente tendrán problemas de fertilidad. (...) Entonces, nuestro individuo de dos cromosomas tendrá una fertilidad reducida siempre que él o ella se reproduzca con los organismos normales de un cromosoma, pero esos cromosomas divididos pueden continuar propagándose a través de la población. No es seguro que se propaguen, es más probable que eventualmente se extingan, pero solo por casualidad puede haber una propagación continua de la variante de dos cromosomas. Lo que lleva a otro concepto erróneo en la pregunta: algo no tiene que proporcionar un beneficio para propagarse a través de una población! Sólo el azar puede hacerlo. No tenemos que argumentar a favor de un beneficio de la fisión cromosómica en absoluto para que suceda.