¿Cómo podría explicar la manipulación de plantas no basada en herramientas de una especie alienígena sin usar magia?

Simbiosis.

Y con esto no me refiero a nada extraño como Venom de Marvel Comics.

Esto ya sucede en nuestro mundo, de alguna manera. El ganado, como las ovejas y las vacas, come pasto. De un vistazo, la mayoría de la gente pensaría que esto es beneficioso para el animal, mientras que es únicamente perjudicial para la planta. Pero las briznas de hierba que han sido masticadas también obtienen un beneficio.

La saliva del ganado contiene algunas sustancias que estimulan el crecimiento de las plantas . En ausencia de ganado, algunos tipos de pasto pueden no crecer tanto, ni tan sanos como lo harían de otra manera.

No olvide que esa no es la única forma en que interactúan el ganado y el pasto. Los desechos de vacas y ovejas son descompuestos por hongos y bacterias, y los subproductos son importantes para el pasto.

Su especie podría hacer lo mismo: secretar diferentes sustancias a través de diferentes partes del cuerpo, en respuesta a diferentes estímulos tanto de las plantas como del medio ambiente. La sensibilidad en la especie animal le ayuda a planificar y organizar la aplicación de sus secreciones sobre las plantas, actuando así con mayor eficacia que si lo hicieran únicamente por instinto. También permite la agricultura real.

Tenga en cuenta que estas secreciones son hormonas, por lo que su gente ficticia está en comunión con las plantas de alguna manera. También tenga en cuenta que esto no excluye el uso de la tecnología. De hecho, se sinergiza muy bien con él. Poder decirle a una planta que crezca más rápido, que forme flores o que retenga la formación de frutos en épocas precisas del año es fantástico. Usar eso junto con arados, represas e irrigación es aún mejor.

Una secreción de muestra como alimento para el pensamiento: etileno . Para los humanos, es la materia prima de la mayor parte del plástico que producimos:

El etileno se utiliza ampliamente en la industria química y su producción mundial (más de 150 millones de toneladas en 2016) supera la de cualquier otro compuesto orgánico. Gran parte de esta producción se destina al polietileno, un plástico ampliamente utilizado que contiene cadenas poliméricas de unidades de etileno en varias longitudes de cadena.

Pero para las plantas, es una hormona:

El etileno también es una importante hormona vegetal natural y se utiliza en la agricultura para forzar la maduración de las frutas.

No podrán lograr nada espectacular a corto plazo, pero pueden lograr resultados sutiles o espectaculares a largo plazo.

Las plantas usan muchos circuitos de retroalimentación química en su crecimiento. Si una especie pudiera introducir los productos químicos correctos en los momentos correctos en los lugares correctos, podrían afectar la forma en que crece la planta. Por lo tanto, podrían hacerlo un poco más resistente a la sequía o hacer que la fruta sea más grande a expensas de alguna otra parte de la planta.

Además, si la especie es longeva y/o muy paciente, puede tener resultados bastante espectaculares a largo plazo. Hay un árbol de acacia (creo que es la raza correcta) que tiene agujeros en sus ramas y tiene frutos específicos para una raza de hormiga extremadamente viciosa. Si alguien perturba ese árbol, las hormigas los enjambrarán. Este cambio ocurrió durante mucho tiempo, pero es bastante espectacular por lo específico que es.

Hay muchas opciones disponibles: feromonas, influencia magnética, respuesta a la luz, sonido... básicamente cualquier cosa a la que una planta ya responda puede ser extruida a un mecanismo de control dado un camino evolutivo lo suficientemente largo con una especie simbiótica...

Nuestro viejo amigo https://en.wikipedia.org/wiki/Ophiocordyceps también podría ser una opción divertida... algún tipo de hongo podría infectar tanto a las plantas como a los alienígenas... y permitir algún tipo de objetivo compartido... . o más razonablemente... mejorar las interacciones antes mencionadas...