Dos formas posibles son las siguientes (puede haber otras):

1. Mediante el uso de recortes

• dibuja tu elipse
• duplicarlo (Ctrl+D)
• mueva su duplicado a otra capa (opcional, solo por conveniencia), que oculta por el momento
• aplicar filtro de turbulencia a la elipse original
• muestre la elipse duplicada, seleccione la elipse original (ahora con el filtro de turbulencia aplicado y que parece un rectángulo) y la elipse duplicada juntas, y haga Objeto> Recortar> Establecer.

( Información general sobre recorte en Inkscape ).

2. Agregando un efecto "compuesto" al filtro

• en el editor de filtros, primero agregue el efecto de turbulencia (como se menciona en la pregunta)
• luego agregue un efecto "compuesto". El efecto compuesto tiene dos entradas: una debe ser la salida del efecto de turbulencia, la otra debe ser el gráfico fuente. En "Parámetros de efectos", establezca "operador" en "In" (vea la captura de pantalla a continuación).