¿Cómo evito la pérdida de calidad al comienzo de un video?

Mi empresa transcodifica los videos enviados por los usuarios (grabados por nuestro propio software de grabación de pantalla)

Uso FFMpeg para hacer el trabajo usando este comando:

 /ffmpeg/ffmpeg -i in.mov -vcodec libx264 -fpre /ffmpeg/ffpresets/libx264-slower.ffpreset   -y out.flv

El propósito es preparar el video para verlo en el navegador.

El problema es que los primeros 10 segundos, más o menos, la calidad es realmente mala.

¿Qué puede causar esto? y como puedo solucionarlo?

Configuraciones preestablecidas:

coder=1
flags=+loop
cmp=+chroma
partitions=+parti8x8+parti4x4+partp8x8+partb8x8
me_method=umh
subq=8
me_range=16
g=250
keyint_min=25
sc_threshold=40
i_qfactor=0.71
b_strategy=2
qcomp=0.6
qmin=0
qmax=69
qdiff=4
bf=3
refs=5
directpred=3
trellis=1
flags2=+bpyramid+mixed_refs+wpred+dct8x8+fastpskip
wpredp=2
rc_lookahead=50

Ejemplo de un video de entrada

Input #0, mov,mp4,m4a,3gp,3g2,mj2, from '84f42bcb67ac616635ef6f99057bbbc46d418295.mov':
Metadata:
    major_brand     : qt
    minor_version   : 537199360
    compatible_brands: qt
    creation_time   : 2012-03-07 13:45:16
  Duration: 00:15:56.00, start: 0.000000, bitrate: 4108 kb/s
    Stream #0.0(eng): Video: qtrle, rgb24, 1680x945, 3401 kb/s, 13.61 fps, 1k tbr, 1k tbn, 1k tbc
    Metadata:
      creation_time   : 2012-03-07 13:45:16
    Stream #0.1(eng): Audio: pcm_s16be, 44100 Hz, 1 channels, s16, 705 kb/s
    Metadata:
      creation_time   : 2012-03-07 13:45:16