Estoy trabajando en un documento que involucra algunos datos y una pieza de código para analizar los datos.
Quiero que los resultados del análisis sean reproducibles y que el código sea abierto. Este concepto de "investigación reproducible" es esencialmente inexistente en mi campo, y las revistas potenciales no tienen pautas con respecto al código. Además, no tengo requisitos sobre cómo publicar mis datos y código por parte de una institución o agencia de financiación.
La pregunta es, ¿cómo debo dividir los datos y el código entre un repositorio abierto y los archivos complementarios del artículo? Lo que tengo en mente actualmente es esto:
Rcódigo en sí ( es decir , las funciones) se publicará en un repositorio en línea, como figshare o github.knitr, como complemento del artículo.¿Cuáles son los pros y los contras de este enfoque? ¿Hay algo que deba modificar?
Una buena manera de pensar en la distinción es esta:
El código y/o los datos en un complemento son estáticos, lo que proporciona una instantánea que se garantiza que funcionará en un momento y lugar determinados. La presentación de archivo está asegurada, pero no se puede mantener y, por lo tanto, es probable que eventualmente se vuelva obsoleta.
El código y/o los datos en un repositorio abierto se pueden mantener y, por lo tanto, pueden ser un proyecto "en vivo" que se actualiza y continúa siendo ejecutable. Sin embargo, por la misma razón, también está sujeto a una posible destrucción a través de una variedad de medios, que incluyen actualizaciones corruptas, eliminación y muerte del repositorio. Es probable que esté bien durante al menos algunos años, pero la conservación durante varias décadas es mucho más cuestionable.
Sin embargo, como señala @Davidmh en los comentarios, generalmente no hay razón para que no pueda poner todo en ambos lugares. Contrariamente a la creencia popular, no hay nada que impida que el código se distribuya bajo más de una licencia . Esto es particularmente cierto si primero lo publica en el repositorio abierto y luego coloca una instantánea ("bifurcación") de ese repositorio en la información complementaria. Darle a la revista el control de una bifurcación no afecta el repositorio original.
En muchos casos, sin embargo, la licencia abierta y los derechos de autor de la revista ni siquiera interactuarán entre sí. Muchas revistas no reclamarán ningún derecho de autor sobre el código o los datos como código o datos . En cambio, la revista solo reclamará el derecho de distribuir el paquete como publicación complementaria , lo que no restringe el uso de la información en ese complemento como datos o código.
En pocas palabras: primero colóquelo en un repositorio abierto, luego proporcione a la revista una instantánea como complemento. En el caso extremadamente improbable de que la revista no lo acepte, el depósito abierto sigue siendo un buen lugar para quedarse.
davidmh
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