Estoy tratando de reconciliar las estructuras en las entradas de PDB con sus secuencias como se informa en sus chemList.polymer.dbrefentradas.
Por ejemplo: considerando estructuras para la integrasa del VIH:
PDB:3OS0referencias UNP:P14350, centrándose en la integrasa (len=391)
>sp|P14350|752-1143 CNTKKPNLDAELDQLLQGHYIKGYPKQYTYFLEDGKVKVSRPEGVKIIPPQSDRQKIVLQ…NRTVSIDNLKPTSHQNGTTNDTATMDHLEKNE
PDB:2B4Jreferencias UNP:P12497, centrándose en la integrasa (len=287)
>sp|P12497|1148-1435 FLDGIDKAQEEHEKYHSNWRAMASDFNLPPVVAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGI…LLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDED
¿Por qué estas secuencias deberían ser tan diferentes?
y en caso de que piense que me estoy enfocando en un poco de ruido: hay otras 42 estructuras de integrasa del VIH que hacen referencia a UNP:P14350, y otras 43 estructuras que hacen referencia a UNP:12497(y otras 79 que hacen referencia a UNP:Q76353, muy similar a UNP:12497), 22 que hacen referencia a un UNP:Q72498.
Ninguno de ellos es integrasa:
P12497 Proteína poliproteína Gag-Pol Gene mordaza-pol Organismo Virus de la inmunodeficiencia humana tipo 1 grupo M subtipo B (aislado NY5) (VIH-1)
P14350 Proteína Pro-Pol poliproteína gen pol Organismo Human spumaretrovirus (SFVcpz(hu)) (virus espumoso humano)
Incluso si te refieres al producto de la integrasa de la poliproteína, el segundo ni siquiera es el VIH.
De Wikipedia :
Human Foamy Virus (HFV) es un retrovirus y pertenece específicamente al género Spumavirus. Los spumavirus son complejos y significativamente diferentes de los otros seis géneros de retrovirus en varios aspectos. Los virus espumosos derivan su nombre del aspecto 'espumoso' característico del efecto citopático (CPE) inducido en las células. [1]
rikb
1148-1435hace el calificador BLAST). y he estado incluyendo intencionalmente PFV en mi análisis porque "... PFV es muy similar a la integrasa del VIH y proporciona un modelo excelente para los estudios de integración retroviral" . ¡pero obviamente necesito verificar los organismos antes de alinear sus secuencias! Gracias de nuevo por su respuesta.