Estoy realizando un proyecto de investigación de pregrado que involucra la tipificación del gen blaZ para diferentes tipos de cepas de la bacteria Staphylococcus aureus ; como referencia, aquí hay algunos artículos sobre este tema que exploran las capacidades de resistencia del gen blaZ y cuatro betalactamasas diferentes que se pueden producir:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3421557/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC188454/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC106017/
En este momento, necesito poder alinear las secuencias del gen blaZ en plásmidos (o regiones cromosómicas, al observar los genes blaZ tipo B) de diferentes cepas de S. aureus con los cuatro tipos de genes blaZ (A, B, C y D) cepas de referencia como se menciona en el primer artículo. El primer artículo proporciona las siguientes cepas como "cepas de referencia": tipo A, PC1; tipo B, 22260; tipo C, RN98; y tipo D, FAR19. Sin embargo, solo puedo encontrar la secuencia de nucleótidos para PC1 y la secuencia parcial para 22260 en Genbank; cuando busco RN98 o FAR19, no aparecen resultados relevantes. Aunque estas secuencias de tipos de genes solo deberían distinguirse por varios SNP, es importante que tenga referencias para los cuatro para la tipificación de cepas más precisa.
En el último artículo, me di cuenta de que proporcionan algunas de las diferencias entre las cuatro secuencias de nucleótidos del tipo de gen blaZ, pero no en un orden "de principio a fin" (es decir, la numeración sobre los nucleótidos no es secuencial y la longitud total de la comparación de secuencias es menos de 846, que es la longitud de las regiones de codificación de PC1). Por favor avise, ya que después de innumerables búsquedas en Genbank todavía no tengo la información de secuenciación específica que necesito para cada tipo de blaZ.
Es posible que ya haya intentado esto, pero ¿qué tal hacer una búsqueda BLAST usando una de las secuencias que tiene, y tal vez limitar el organismo a Staph a?
Más información: El siguiente artículo hizo una comparación similar y menciona los tipos RN9 y FAR10, tal vez estos estén relacionados (o mal escritos originalmente) Ver a continuación.
"Real-Time PCR Assay for Detection of blaZ Genes in Staphylococcus aureus Clinical Isolates" en https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3993521/ menciona: "tipo A, PC1 (pI254) y NCTC 9789; tipo B, 22260 y ST79/741; tipo C, 3804(pII3804), RN9(pII147) y V137; y tipo D, FAR10"
En cualquier caso, recomiendo ir a su artículo original de interés y usar la función "citado por" para encontrar artículos más recientes.
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