Estoy buscando un gen de Arabidopsis thaliana que figure en RCSB con un modo claro de función y un sitio activo. Además, debe tener un fenotipo obvio cuando se elimina, como un crecimiento severamente retardado, letal o casi letal. El gen también tiene que ser exclusivo de las plantas para que la ARN polimerasa no funcione. Encontré este documento en fisiología vegetal , pero tengo problemas para encontrar esos genes con un sitio activo obvio. Muchas gracias
Puedo decirle en general cómo hacerlo.
Vaya a la tabla S2 del periódico y descargue la hoja de cálculo. Puede buscar RCSB para cada símbolo de gen. Hay 2400 genes individuales y probablemente hay más de 1000 genes de alias, por lo que es mucha búsqueda. Puede hacer esto en masa usando un script de python y una biblioteca como BioPython, o puede colocar cada símbolo en el cuadro de búsqueda en RCSB.org y ver si aparece una estructura.
Puede y debe buscar en esa tabla los fenotipos con los que cree que realmente puede trabajar. Muchos de los fenotipos en el documento pueden requerir un microscopio o mucha experiencia con arabidopsis. Por ejemplo, "Embrión defectuoso; preglobular / globular", ¿qué significa eso? También puede escribir a los autores para pedirles consejo, pero es posible que estén demasiado ocupados para responderle.
Reducir su búsqueda de esta manera antes de hacerlo sería muy útil. El número de genes con un fenotipo accesible y una estructura probablemente será una lista relativamente pequeña (¿50?).
Se resuelven relativamente pocas estructuras de proteínas de arabidopsis, por lo que tendrá que hacer un modelo de homología: alinear cualquier secuencia de estructura de proteína que encuentre con la secuencia de A. thaliana y decidir dónde estaría el sitio activo o la mutación disruptiva en el gen de la planta.
Ejemplo: CHY1 (CoA Ester Hydrolase) debe resolverse: al buscar "CoA Ester Hydrolase" en rcsb, encuentro tres estructuras. la estructura humana 2DQZ tiene muchas anotaciones asociadas. Esta clase de enzimas se ha estudiado durante un tiempo, por lo que probablemente se haya estudiado el sitio activo. Una búsqueda en pubmed debería dar una pista sobre dónde se ha realizado la investigación del sitio activo. usar BLAST para alinear las estructuras con el gen de arabidopsis o con todas las demás hidrolasas de éster de CoA también sería un paso importante.
Espero que esto ayude.