¿Cómo podría llamar a tal secuencia de ácido nucleico? ¿Una especie de secuencia palindrómica? ¿Hay algún término llamado repetición de espejo?

5'... ATGCC|CCGTA...3'

3'... TACGG|GGCAT...5'

o decir

5'... AAGT|TGAA...3'

3'... TTCA|ACTT...5'

o de manera generalizada; en cada hebra;

ABCDEF|FEDCBA

¿Existe alguna terminología para ese tipo de repetición? ¿Una especie de secuencia palindrómica? ¿Una especie de repetición invertida? o espejo-repetir? ¿Existen realmente en la naturaleza? (Todavía no pude encontrar ninguna respuesta útil en la web, incluida wikipedia).

ACTUALIZAR

Hice esta pregunta porque el término "secuencia palindrómica" no es como la situación en OP, pero "secuencia palindrómica" es así :

5'... A TGCTTTC |GAAAGCAT...3'

3'... TACGAAAG| CTTTCGT A ...5'

o en general;

5'... ABCDEF | MNPQRS...3'

3'... SRQPNM | FEDCBA ...5'

Donde en una sola hebra no hay simetría cuando se lee (3'---> 5') y (5' ---> 3').

PERO no lo digo así. Estoy hablando de una situación en la que se presenta una simetría de reflexión en cada hebra individual cuando se lee (3'---> 5') o (5' ---> 3').

como

5'... ABC DEF | CBA FED ...3'

3'... SRQPNM | MNPQRS...5'

Desde ningún ángulo es una secuencia palindrómica porque la simetría no es entre 2 hebras opuestas.

Esta pregunta vino a mi mente cuando por primera vez enseñé sobre la secuencia palindrómica. No pude unirlo "literalmente" con palíndromos verbales como "AND MADAM DNA". Más bien me parecía

COMO PASTEL

EKAC TAE I

Así que pensé, si realmente existe alguna secuencia literalmente como "Y MADAM DNA"... lo que sea, si hay alguna terminología para ello o no.

Otro sitio de preguntas y respuestas menciona un término "repetición de espejo", con exactamente la misma situación que OP, pero no dio referencia ni mayor importancia biológica.

ingrese la descripción de la imagen aquí http://www.answers.com/Q/Mirror_repeats_in_DNA

La última revisión de Wikipedia también menciona un término repetición reflejada y repetición evertida , pero no se brindan más explicaciones ni hipervínculos.

Otro resultado de la búsqueda de Google.

https://s3.amazonaws.com/classconnection/27/flashcards/2952027/jpg/mirror_repeat-14FB21C6EBF540D2120.jpgURL: https://s3.amazonaws.com/classconnection/27/flashcards/2952027/jpg/mirror_repeat-14FB21C6EBF540D2120.jpg

Encontré algunos enlaces en la web, pero algunos son sobre otros temas basados ​​en simetrías de ADN, y algunos (aquellos que dan una definición o terminología directa) contienen muy poca información y ninguna referencia, como este: answers.com/Q/Mirror_repeats_in_DNA
¡Me pregunto cuántos sitios web usaron el término "repetición de espejo" exactamente en el mismo significado que pregunté! pero ninguno llega al origen del término. quizlet.com/11685525/chapter-8-slides-flash-cards , o.quizlet.com/o4SEbpAdTIwyIgNv6uLjMA_m.jpg fig 8-18, studyblue.com/notes/note/n/nucleótidos-and-nucleic-acids/deck/ … , (no fácilmente accesible) s3.amazonaws.com/classconnection/27/flashcards/2952027/jpg/… (resultado de búsqueda de imágenes de Google)
Otro de la búsqueda de Google: slideplayer.com/slide/5171943 . Página 54/65. URL: imágenes.slideplayer.com/16/5171943/slides/ slide_54.jpg
La última imagen adjunta (de los resultados de imágenes de Google) me ayudó mucho más porque hay muchos artículos en la web sobre la "estructura de Hoogsteen". Aqui hay uno. ase.tufts.edu/biology/labs/mirkin/documents/…
"una disposición relacionada es la repetición en espejo, en la que la secuencia de repetición invertida no es palindrómica. Estas secuencias desempeñan papeles importantes al mostrar o bloquear la síntesis de proteínas por parte del ribosoma, un proceso llamado atenuación de la transcripción (ver capítulo 18), o formar sitios de reconocimiento para la restricción. enzimas" books.google.co.in/…

Respuestas (3)

Creo que la situación que mostró debería llamarse repeticiones invertidas en espejo : que yo sepa, ocurren muy raramente, y solo encontré referencias en este y este artículos, aunque no se proporciona una explicación gráfica.

¿No? No los encontré iguales.
por favor mira mi actualización
Lo siento, acabo de actualizar mi respuesta.
No se preocupe, los patrones siempre son complicados y casi toda la biología se trata de patrones.
@ Roberto Los enlaces que proporcionó no fueron útiles porque el primero ( microbiologyresearch.org/error/… ) muestra que la página no existe, y el segundo ( sciencedirect.com/science/article/pii/S0923250899001163?np=y ) dice para comprar (en este momento, lo cual no está siendo posible, lamentablemente) y su vista previa no contiene ningún diagrama, por lo que podría proporcionar algún diagrama, etc. de estos artículos, se lo agradeceré.
No. El segundo artículo no es de libre acceso.
Le he hecho saber que el segundo artículo no es de libre acceso.
@ Roberto Preste Dado que la parte de su respuesta antes de la actualización no es correcta, si modifica esa parte; Aceptaré esta respuesta.

El término:

' repetición en tándem inverso '

ha sido utilizado por algunos autores, pero el motor de búsqueda de Google recupera solo 28 instancias, de las cuales no más de 20 son únicas.

Hay aproximadamente tres veces más aciertos para:

' duplicación inversa en tándem '

que sería un término más preciso en el presente caso.

A quien hizo la entrada original. Las respuestas en SE Biología deben escribirse como respuestas, no como preguntas retóricas, y respaldadas por evidencia o argumento. Es por eso que edité esta respuesta y descubrí un término más común cortesía del autocompletado de Google.

Como ejemplo de simetría biológica, con la lengua en la mejilla, llamaría a esto un espejismo .

Mi razón es que desde un punto de vista estructural una secuencia del tipo que presentas:

5'... ATGCC|CCGTA ...3'
3'... TACGG|GGCAT ...5'

no tiene simetría de imagen especular . Esta falta de simetría se debe a la naturaleza asimétrica del enlace fosfodiéster. El 5' y el 3' en su diagrama ilustran claramente este hecho (3' no es el reflejo de 5' ni tipográficamente ni estructuralmente). Si no sigue esto, dibuje cada enlace fosfodiéster en las mitades de la secuencia. El orden de las bases en la segunda mitad puede reflejar el de la primera mitad, pero la direccionalidad de los enlaces fosfodiéster es la misma.

Esto no es solo pedantería, sino que explica por qué (o es consistente con) tales estructuras parecen no tener importancia en biología y, por lo tanto, no tienen nombre. (Uno solo da nombres a las cosas a las que necesita referirse). Uno no esperaría que tales estructuras ocurran con frecuencia ya que no pueden generarse por duplicación (invertida o no). Las que ocurren por casualidad carecen de simetría y no es más probable que se unan a las proteínas que cualquier otra secuencia (las estructuras de ADN simétricas aparentemente se prestan al reconocimiento de proteínas).

Me imagino que uno podría describir tales estructuras en un sentido matemático y darles un nombre, pero si esa es su pregunta, debería migrarse a un SE diferente.

No, no es exacto en sentido matemático... sino más bien fue encontrar ocurrencia biológica. No puedo decir con certeza que no haya importancia biológica... una que he leído sobre tal secuencia en cierto texto de bioquímica... pero luego estaba en situaciones de prisa... Olvidé anotar eso. Más tarde no podía recordar dónde lo había leído. Sin embargo, creo que esta pregunta es propiamente sobre biología.
Gracias, sí, no se trata de una imagen especular de la estereoquímica. Se trata sólo de la secuencia genética.
Si alguien no sabe algo, cómo puede comenzar a concluir como "no tiene importancia", o "fuera de tema" o algo así. Estoy de acuerdo, no sé, por eso estoy haciendo una pregunta. Pero cuando un usuario profesional no sabe nada pero se apresura a decidir una acción... realmente me asombra. (escrito para cada moderador, no para uno específico)
@AlwaysConfused: preguntaste "¿Realmente existen en la naturaleza?" por lo que un comentario sobre su importancia biológica fue una respuesta válida. No era una sugerencia de que su pregunta no era importante. Traté de responder a su pregunta desde una perspectiva biológica, pero sentí que era posible que todavía estuviera interesado en los aspectos lógicos. En el último caso, sentí que era más probable que los matemáticos o las personas interesadas en el lenguaje pudieran responder a su pregunta. Migrarlo a otro grupo SE no es rechazarlo, solo ayudarlo a encontrar la audiencia adecuada.
Está bien, pero la búsqueda de Google me muestra, muchas fuentes informan sobre tales secuencias, e incluso con la misma terminología (aunque ninguna de ellas dirige a la fuente adecuada). Incluso otro usuario publicó una respuesta. Luego, una declaración "tales estructuras parecen no tener importancia en biología y, por lo tanto, no tienen nombre". Fue bastante sorprendente. Deseaba mantener la pregunta en biología, pero si todavía cree que algún otro sitio como matemáticas o química podría dar una mejor respuesta, hágamelo saber.
¿Cómo podría llamar a tal secuencia de ácido nucleico? ¿Una especie de secuencia palindrómica? ¿Hay algún término llamado repetición de espejo?
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