Para fines de modelado por computadora, estoy buscando algunas medidas cuantitativas referenciadas de los efectos de la temperatura en la dinámica de las reacciones bioquímicas.
Pregunta
En concreto, mi pregunta es:
¿Cómo influye la temperatura en la tasa de unión de proteínas a un motivo de unión al ADN?
NO busco..
No estoy buscando una explicación teórica de cómo la temperatura influye en este proceso (tengo una comprensión básica de la importancia de la energía de activación como se muestra en una distribución de Maxwell-Boltzman y de la ecuación de Michaelis-menten).
Busco..
Estoy buscando una función (que eventualmente exprese la constante de Michaelis-menten como una función de la temperatura) que pueda conectar en mis algoritmos para incorporar la influencia de varias temperaturas en el proceso que quiero simular. Quiero simular la red de genes promedio de un eucariota estándar promedio. Para otro propósito, elegí valores de parámetros provenientes de la levadura. Un índice como el sería muy útil también.
Pregunta similar ya respondida
Una pregunta similar (influencia de la temperatura en la tasa de transcripción) ha sido formulada y respondida (por @rhill45) aquí .
Primero hagamos el segundo, desea encontrar la tasa de enlace:
Sí, tienes razón, necesitas calcular por km.
Creo que encontré el documento que relaciona la temperatura con la velocidad de reacción:
Se utiliza un enfoque estadístico llamado metodología de superficie de respuesta (RSM) para la predicción de las constantes cinéticas de la glucosa oxidasa (GOx) en función de la temperatura de reacción y el pH. La transformación de Lineweaver-Burk de la ecuación de Michaelis-Menten se utilizó como parte integral del algoritmo RSM. Se evaluaron los efectos de las variables, a saber, el recíproco de la concentración de sustrato (0,033–0,5 mM−1), la temperatura de reacción (14,9–40,1 °C) y el pH de la reacción (pH 4,4–8,5) sobre el recíproco de la velocidad de reacción inicial y un segundo orden. El modelo polinomial se ajustó mediante un diseño circunscrito compuesto central (CCCD).
Biochemical Engineering Journal Agosto de 2005, Vol.25(1):55–62, doi:10.1016/j.bej.2005.04.001 Un nuevo enfoque para la determinación de constantes cinéticas enzimáticas utilizando la metodología de superficie de respuesta İsmail Hakkı Boyacı
por la decadencia
Todavía estoy trabajando en el primero. Sugiero que revisen esto, pero necesito dormir. Puedo leerlo mañana.
http://www.eastcoastbio.com/productcart/pc/stability_testing.asp
Remi.b