Durante el último mes, he estado usando Gitit para este propósito. Ese enlace va a una demostración en vivo donde puedes probarlo. Satisface todos sus requisitos:

1. Es un wiki, por lo que puedes hacer enlaces entre páginas fácilmente.
2. Está construido sobre pandoc, que entiende TeX y usa MathJax para renderizarlo (técnicamente renderiza un subconjunto de TeX, pero es un subconjunto bastante sustancial)
3. En realidad, es un repositorio de Git, por lo que puede cargar lo que quiera. O simplemente publique sus cifras en la web (a través de figshare o un enlace público de Dropbox) y vincúlelas.
4. Igual que 3.
5. De nuevo, es Git.
6. Es de código abierto: https://github.com/jgm/gitit

Como beneficio adicional, puede publicarlo en la web si lo desea (o simplemente ejecutarlo localmente en su máquina). Lo ejecuto en un servidor interno en mi universidad y mis estudiantes y posdoctorados lo usan. Por lo tanto, también es una forma conveniente de compartir información.

Para cargar documentos y anotarlos, uso mendeley . Para organizar mis citas, uso citeulike , que es ingenioso para la generación de entradas bibtex. También uso Jabref localmente en mi computadora para administrar mis papeles.

También me gustan las simulaciones numéricas y, por lo general, agrego mis resultados a documentos de látex (cifras y todo) ya que finalmente los necesito en formato de látex para mi disertación. Además de esta manera, ¡ahorro tiempo!

¿ Has probado Google Notebook ? No lo he usado en al menos 3 años, así que no sé qué tan bueno es ahora.

¡Buena suerte!

modo org

Uso el modo Org para organizar y realizar un seguimiento de mi investigación. Es un modo principal de Emacs que parece satisfacer la mayoría de sus requisitos. Los archivos .org son texto sin formato que debería proteger contra la sobrecarga y le permite acceder a ellos en cualquier lugar, incluso cuando no tiene Emacs u Org-mode disponible.

enlaces a experimentos/páginas anteriores

Org-mode tiene la capacidad de vincular a cualquier tipo de archivo, así como a ubicaciones específicas en un documento.

ecuaciones de látex

Org-mode tiene soporte no solo para ecuaciones LaTeX, sino también para varios lenguajes de programación a través de org-babel . Puede incluir los bloques de código dentro de su archivo .org.

cargar documentos u otras URL.

Debido a que es solo un archivo de texto, este tipo de comportamiento se puede lograr a través del mecanismo de vinculación. Los enlaces pueden ser a otros documentos/papeles en su máquina o URL. Visitar una URL en modo Org abrirá su navegador al enlace solicitado.

poder transferir datos.

No estoy seguro de lo que está buscando aquí. Org-mode tiene un buen editor de tablas incorporado con ajuste automático de ancho de columna y algunos comportamientos de hoja de cálculo. Si no desea los datos reales en el archivo .org, siempre puede vincular para hacer los datos. Si está buscando importar datos al archivo directamente, el modo Org tiene una función org-table-importque analizará los datos separados por TAB o espacios en blanco en una tabla Org.

citas y control de versiones

Uso el modo Org para realizar un seguimiento del tiempo que dedico a varios elementos de investigación. Puede configurar los encabezados en el modo Org para que se comporten como listas TODO de varios estados y asignarles tiempo. La mayoría de los encabezados comienzan como TODO, cambian a INICIADOS cuando los registro y luego puedo actualizarlos a HECHO cuando termino. También puede generar informes basados ​​en el tiempo registrado. Por ejemplo, utilizo un informe integrado de la última semana para ayudar a generar actualizaciones de investigación semanales.

Manejo mi control de versiones y distribución a través de Dropbox, pero como los archivos son texto sin formato, cualquier sistema de control de versiones con el que se sienta cómodo debería funcionar bien.

herramienta de código abierto

Org-mode es de código abierto.

El modo Org también se puede configurar para mostrar imágenes en línea, por lo que aunque el archivo .org real permanece en texto sin formato para VCS, cuando abre el archivo en modo Org puede ver las imágenes y comentarlas en consecuencia.

Si bien los archivos .org en sí mismos son texto sin formato, el modo Org tiene varias opciones de exportación, que incluyen LaTeX, PDF, HTML, DocBook, OpenDocument y otras. Entonces, si desea convertir su cuaderno de investigación en algo más atractivo visualmente que un archivo de texto sin formato, hay muchas opciones. Recomendaría este documento para una buena descripción de lo que Org-mode puede hacer en un entorno de investigación.

La desventaja es que es un modo para Emacs. Si aún no está utilizando Emacs, tiene una curva de aprendizaje pronunciada y puede requerir una amplia personalización para que las cosas funcionen exactamente como usted desea. Org-mode y AUCTeX (el modo LaTeX de Emacs) son las razones por las que dediqué tiempo a aprender a trabajar con Emacs y no me han decepcionado. Sin embargo, si está buscando poner algo en funcionamiento rápidamente (y aún no está familiarizado con Emacs), puede que no sea su mejor opción.

Consulte los blogs alojados en GitHub usando lo que se llama "jekyll": -http://jekyllrb.com/ -https://github.com/mojombo/jekyll (consulte la pestaña wiki para ver sitios de ejemplo) -Manera fácil de comenzar: use jekyll bootstrap o pulppress

Jekyll es solo un montón de código que facilita tener cosas que tienes en blogs/cuadernos de laboratorio: etiquetas, paginación, etc.

Algunas cosas interesantes son que es gratuito, de código abierto, versionado, maneja imágenes/papeles/etc, puede integrar comentarios (yo uso Disqus).

Requiere un poco de curva de aprendizaje sobre otras plataformas de blogs, pero vale la pena.

Yo personalmente uso VoodooPad , que es básicamente un wiki personal, junto con LaTeXiT para ecuaciones de látex. He encontrado que funciona muy bien; puedes guardar muchas cosas en él, incluidos papeles. Todo está basado en texto, por lo que puede hacer una copia de seguridad usando Git o lo que quiera. Tienen una versión gratuita. No es de código abierto.

Me sorprende que nadie haya mencionado Evernote . Afirman que puedes poner cualquier cosa en él, y por lo que he visto, eso es cierto. Copia de seguridad en la nube de Evernote. Gratis, no de código abierto.

Parece que estás buscando algo como http://figshare.com

Es parte de Digital Science, que es parte de la misma familia de empresas que Nature Publishing, pero conozco al tipo que lo dirige y creo que es muy inteligente y hace las cosas de la manera correcta.