¿Es posible volver a alinear los archivos SAM/BAM?

Estoy llevando a cabo una comparación metagenómica utilizando un enfoque de secuenciación del genoma completo. Me gustaría filtrar las lecturas de mis archivos de manera secuencial, por lo tanto, me gustaría alinearme con un primer genoma de referencia, luego usar el archivo SAM/BAM generado para extraer las lecturas asignadas con samtols view -F4, volver a generar fastq archivos y alinearlos con otro genoma de referencia. Esto reduce el tamaño de la entrada y acelera el procedimiento. Sin embargo, al usar BWA, aparece un error de sincronización de archivos al realizar la segunda alineación:

[mem_sam_pe] paired reads have different names: 
"HISEQ:90:C3UNJACXX:1:1107:16388:61141", 
"HISEQ:90:C3UNJACXX:3:1303:2008:58095" 
[mem_sam_pe] [mem_sam_pe] paired reads have different names: 
"HWI-ST1437:64:C3UM1ACXX:4:1214:3833:62731", 
"HWI-ST1437:64:C3UM1ACXX:4:1202:18519:45906" 

Esto es extraño ya que los archivos fastq fueron generados por el archivo BAM filtrado, samtools debería haber sabido cómo mantener la sincronización de los archivos. Mi pregunta es: ¿es posible realinear un archivo BAM? tal vez no con BWA, al menos con otra herramienta?

Gracias.

El procedimiento que realicé es:

# align 
bwa mem -R <read_group1> <ref.fa> <file1_1.fq> <file1_2.fq> -o <file_aln.sam> 
# convert 
samtools view -Sb <file_aln.sam> > <file_aln.bam> # sort samtools sort <file_aln.bam> -o <file_alnSRT.bam> 
# select mapped 
samtools view -h -F 4 <file_alnSRT.bam> -o <file_alnMAP.bam> 
# convert to fastq 
samtools fastq -1 <filemap_1.fq.gz> -2 <filemap_1.fq.gz> <file_alnMAP.bam> 
# re-align 
bwa mem -R <read_group> <ref2.fa> <filemap_1.fq.gz> <filemap_1.fq.gz> | samtools sort -o <file_realign.bam>