¿Por qué usaba zapatos tan grandes al final de Alien: Covenant?

Tienes razón, también noté los grandes zapatos blancos, pero rápidamente los olvidé después de que terminó la película. Si te fijas bien verás que sus zapatos son demasiado largos.

Aquí hay una captura de pantalla de esa escena:

Posible explicación: Justo antes de la escena, David le dice a "Madre" que toque "Das Rheingold" de Richard Wagner; la trama del drama trata sobre un enano que roba un poco de oro mágico. Forja un poderoso anillo que permitirá a su portador gobernar el mundo (pero tiene que renunciar al amor para hacerlo).

(Lea el artículo de Wikipedia para conocer la historia completa: https://en.wikipedia.org/wiki/Das_Rheingold#Scene_1 )

David básicamente hace lo mismo, hay muchas similitudes entre David y el enano de esa historia y supongo que Ridley Scott solo quería dar una pista (oculta): David con zapatos grandes parece un enano, y ahora lo es. el que robó algo y "forja" algo muy poderoso.

No es solo al final de la película que tiene pies grandes. Cuando David y Walter están juntos en la cueva de David, hay una toma que muestra su diferencia de altura y los grandes pies descalzos de David. A mí me parecen pies de ingeniero. Perdón por no tener captura de pantalla, pero recuerdo haberlo notado en el cine.

Los pies de Michael Fassbenders son así de grandes. Mide 6' (183 cm). Echas un vistazo a su estatura cuando golpea al personaje de Katherine Waterstons, Daniels, sobre una mesa para dominarla. No existe una ley literaria de que un androide tenga que ser elegante...