¿Por qué necesitamos una secuenciación profunda?

¿Por qué necesitamos una secuenciación profunda? ¿Por qué las tecnologías de secuenciación no pueden leer todos los nucleótidos correctamente en la primera lectura? Lo siento, ya que esta pregunta es demasiado trivial, no tengo antecedentes biológicos y acabo de comenzar a investigar en CompBio. Gracias.

Respuestas (3)

Respuesta corta

En pocas palabras, la tecnología de secuenciación de ADN tiene un límite de cuánto tiempo puede leer un tramo de ADN de una sola vez .

Respuesta larga

Entonces, lo que ocurre más comúnmente es que la longitud de ADN que desea secuenciar debe dividirse (casi al azar) en longitudes determinadas (según la tecnología) y cada longitud o lectura se secuencia en paralelo. ¡Pero ahora no sabes qué longitudes pegar! es decir, el orden de estos trozos cortados. Entonces lo secuencias muchas veces (más profundo) y de esta manera puedes alinear los extremos contiguos de estas longitudes como un rompecabezas. Cuantas más veces secuencia, con mayor precisión se alinearán los 'contigs'.

Diagrama de ensamblaje de ADN

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Comenta si quieres más detalles, pero el término técnico que quieres buscar en Google es "ensamblaje de secuencia" .

Aquí está la wiki

:)

¡Gracias, esto ayuda demasiado! Una pregunta trivial más, y la entenderé por completo :) Las fuentes que verifiqué en "ensamblaje de secuenciación" generalmente asumen algunos antecedentes que no tengo, por lo que no responden a mi siguiente pregunta: ¿Por qué se leerían las longitudes? se cortan casi al azar, lo que requeriría este material de alineación, y no se cortan en orden secuencial del tramo de ADN y simplemente se aumentan entre sí después de leerse en paralelo. Estoy seguro de que estás sonriendo ante esta pregunta en este momento :) ¡Pero gracias de antemano!
En realidad, es una buena pregunta porque debo haber sido bastante ignorante en mis conferencias anteriores, ya que no "sé" la respuesta, pero puedo hacer una buena suposición: es porque no puedes manejar el ADN de esa manera, recuerda que es un químico. ! Lo pones en una solución y no puedes simplemente "agarrarlo" con una pinza, cortarlo aquí y allá con unas tijeras. Lo cortas con enzimas que hacen cortes en regiones muy repetitivas a lo largo de la secuencia: las piezas que resultan simplemente se esparcen y ¡boom! Tienes un rompecabezas roto para resolver.
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¡Gracias! Esto también ayuda mucho. Acepté la respuesta, pero todavía no puedo votar porque soy nuevo aquí, así que necesito 3 reputaciones más para eso :)
^^ restricciones... ¿de qué campo eres? y ¿por qué la pregunta de Bioinformática?
Tengo especialización en Ciencias de la Computación y comencé un doctorado en CompBio.
@usuario5054. Acabo de volver a leer esto ahora, si encuentra que la terminología de bioinformática es complicada, entonces se beneficiaría de leer las secciones "Glosario" de los recursos de bioinformática bien establecidos. Ejemplo: vectorbase.org/glossary

La secuenciación profunda es naturalmente propensa a errores. La secuenciación nunca será perfecta, porque ninguna enzima funcionará al 100,00000 % a la perfección.

En la secuenciación de Illumina, coloca su molécula inicial en la celda de flujo, luego la polimerasa hace un grupo de copias a su alrededor. Pero en cada paso de la construcción de cada copia, existe la posibilidad de que la polimerasa cometa un error. Luego, en la secuenciación, se agrega un solo didesoxinucleótido marcado complementario a la cadena complementaria. Pero siempre existe la posibilidad de que la enzima cometa un error. Luego, después de leer la base, se debe cortar la etiqueta. Otro paso en el que la enzima podría cometer un error. Luego, la base se convierte en desoxi, otro posible error. Incluso si es muy poco probable que cada paso falle, después de muchos pasos, habrá suficientes problemas como para que el grupo no muestre el color correcto de manera uniforme. El software intenta compensar, pero el resultado es que ustedtienen lecturas con imprecisiones. Por eso hay que tener profundidad.

Otro punto importante es que casi siempre secuenciamos una población de células, no solo una sola célula. Las poblaciones de células cancerosas, por ejemplo, pueden tener múltiples subpoblaciones de células con diferente genética (subclones). La secuenciación de lectura profunda nos permite ver esta heterogeneidad y también medir la abundancia de cada subclon. Incluso con una sola célula, podemos ver la abundancia de diferentes alelos... Por lo general, 50-50 en las células normales, pero pueden volverse bastante locos en el cáncer.

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