Estoy buscando un software para diseñar automáticamente anticuerpos que se dirijan a una proteína o antígeno determinado.
¡Es mucho más fácil decirlo que hacerlo!
Si tuviera suficientes fondos y tiempo para perseguir su objetivo, lo que haría sería buscar en el banco de datos de proteínas todos los archivos PDB de interés. Seguro que tienes alguna proteína que te interese. Podría considerar hacer lo siguiente:
Averigua a qué familia pertenece tu proteína, considerando su número y presencia de motivos: bobinas, hélices, láminas beta, etc...
Haz una revisión bibliográfica de cualquier proteína que ya haya sido estudiada perteneciente a esta familia. Entonces, cuando una proteína de esta familia cataliza una reacción, ¿cuáles son sus regiones flexibles y restringidas?
Use un programa como Autodock para acoplar su proteína a una proteína con la que su familia de proteínas podría interactuar.
Calcule las energías de interacción utilizando Gromacs, NAMD o Gaussian. Puede hacer un cálculo de tiempo cero de los estados iniciales o seguir un enfoque de dinámica molecular a medida que las proteínas se mueven aleatoriamente a sus configuraciones más estables, o incluso un enfoque de mecánica molecular. ¿Qué sistemas son los más favorables?
Llegaste tan lejos. ¿Ahora que? Pero ninguno de estos pasos crea sus candidatos. Simplemente le da una idea de la física involucrada en compuestos ya identificados estructuralmente. Sí, puedes hacer mutaciones puntuales en VMD y Pymol. Pero, si desea agregar un nuevo motivo a una estructura de proteína existente, no funcionará porque más de 20 aminoácidos en un péptido no se pliegan correctamente.
Para hacer algunas de las estadísticas biológicas, el colaborador de investigación de bioinformática estructural está aquí: http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
Puede analizar sus carpetas con wget o curl en bash scripting en http://files.rcsb.org/
Pero suponiendo que descubras una proteína candidata que aún no existe. ¿Cómo vas a hacerlo en el laboratorio? Parece que sería mejor hacer estudios microbianos. Tal vez puedas buscar una coincidencia con placas de microarrays.
MattDMo