¿Estas dos personas con el mismo nombre de pila son la misma persona?

no, Emiya Shirou y Kotomine Shirou son dos personas diferentes. de hecho, aparte de que su apariencia se parece en cierto modo, lo único que ambos tienen en común es que ambos son personas que terminan convirtiéndose en 2 Servants diferentes para las Guerras del Santo Grial y en un momento también fueron Maestros.

Emiya Shirou termina un día convirtiéndose en Heroic Spirit EMIYA y convocado como Archer tanto en la Quinta Guerra del Santo Grial de Fate/Stay Night como en la Guerra del Santo Grial de Moon Cell de Fate/Extra (aunque en esta última su nombre se ha perdido en la historia)

Kotomine Shirou es uno de los Maestros de la Facción Roja en Fate/Apocrypha , Maestro de Asesinos y Líder de la facción. sin embargo, su verdadera identidad es Amakusa Shirou Tokisada.

El verdadero nombre de Shirou es Amakusa Shirou Tokisada (天草四郎時貞, Amakusa Shirō Tokisada), el líder adolescente de la Rebelión de Shimabara. Nacido en el período Edo, fue un niño de milagros que casi podría llamarse un santo. Sin embargo, cómo fue descubierto exactamente; una buena mitad de su vida está envuelta en misterio.

Fuente: Kotomine Shirou - Perfil - Identidad (primer párrafo)

Originalmente fue convocado como el Sirviente Gobernante durante la Tercera Guerra del Santo Grial por la familia Einzbern en lugar de Angra Mainyu como Avenger, sin embargo, la guerra nunca terminó correctamente debido a que los nazis robaron el Gran Grial gracias a Darnic Prestone Yggdmillennia , quien luego terminó robándoselo. ellos.

en la línea de tiempo de Fate/Aprocypha después de la tercera guerra, pasó tiempo con Risei Kotomine y fue "criado" con Kire Kotomine. más tarde fue enviado por la Iglesia cuando la Asociación de Magos quería que un miembro de la Iglesia se pusiera del lado de ellos para reclamar el Gran Santo Grial de Yggdmillennia.

A diferencia de la línea de tiempo de la Tercera Guerra del Santo Grial de Fate/stay night, donde la familia Einzbern convocó a la clase Avenger Angra Mainyu, abusaron de uno de los sistemas instalados en el Gran Grial y engendraron a Shirou como un Servant de clase Gobernante que estaba destinado a ser una autoridad imparcial que reguló el progreso de la guerra. Los Einzbern deseaban invocar un espíritu heroico apropiado para la clase Gobernante en lugar de un héroe oriental sin nombre. Sin embargo, el acto de convocar a un Gobernante ya era una interferencia severa en el formato operativo normal de la Guerra del Santo Grial, por lo que era un compromiso con la ventaja de sus hechizos de comando.

...

Cuando Risei Kotomine rescató al Maestro de Tohsaka, Shirou lo ayudó con su trabajo de rescate. Cuando Darnic robó con éxito el Gran Grial, los sobrevivientes fueron Shirou y Risei.

...

Risei preparó un registro familiar, registrándolo como su hijo "Shirou Kotomine" (言峰 天草, Kotomine Shirō). Se había unido a la Iglesia gracias a las conexiones de Risei. Ingresó a la Asamblea del Octavo Sacramento como Kotomine Shirou, pero, naturalmente, Risei no pudo reconocerlo como su hijo allí y se acercó a él honestamente como un amigo. Alrededor de la época en que nació el hijo de Risei, Shirou había disminuido deliberadamente su contacto con Risei. Shirou permaneció distante del propio hijo de Risei. Shirou evita conscientemente a Kirei Kotomine porque Shirou notó la "distorsión" dentro de su hermanastro.

...

Como la Asociación de Magos decidió buscar un Maestro de la Iglesia para que su participación probara la legitimidad de su causa. Habiendo ya planteado la hipótesis de la posibilidad de una Gran Guerra del Santo Grial, una situación con siete Sirvientes contra siete Sirvientes en lugar de una Guerra del Santo Grial normal. En una situación tan anormal con siete Sirvientes contra siete Sirvientes y donde incluso el Gobernante anterior había convocado a su propio Sirviente, el Gran Grial convocó automáticamente al Gobernante para esta guerra, Jeanne d'Arc, pero Shirou había incluido incluso eso en sus cálculos como un evento dentro de sus expectativas. Shirou se unió rápidamente a la facción Roja como doble mediador y Maestro enviado por la Santa Iglesia.

como pueden ver, la parte de Kotomine de su nombre se usó para encubrir su identidad, mientras que la parte de Shirou en realidad proviene de su nombre real.

Dado que Fate trata sobre la posibilidad y otras líneas de tiempo en el mismo Universo, dice que Amakusa Shirou y cómo fue descubierto están envueltos en misterio.

¿Podría decirse que Shirou podría establecerse como una fuerza disuasoria enviada atrás en el tiempo con la memoria borrada para salvar a la gente, o tal vez él deseaba ser un héroe de la justicia y el grial lo hizo reencarnar al revés en un niño que tenía la mismo deseo. Luego lo mataron, lo usaron como Servant y repitió el proceso.

Siento que dado lo que sucede en Fate , nada parece imposible.