Errores de disco duro de OS X Yosemite incluso después de repararlos

Básicamente, hago mucha programación en C (para la clase), así que uso gccmucho en mi mac. Recientemente, desde hace dos días, cada vez que lo ejecuto, toda la computadora se congela y es necesario un reinicio forzado para que vuelva a funcionar.

Entonces sospeché cuál podría ser el error, así que ejecuté disk-utility y verifiqué la partición de Yosemite en busca de errores. Aparentemente, hay muchos errores, así que inicié el modo de usuario único y ejecuté los siguientes comandos.

$ fsck -fy
$ fsck -fy
$ reboot

Al reiniciar, mi disco ahora está reparado, pero la computadora aún se congela cuando ejecuté gccEntonces, esta vez, ejecuté una verificación de permisos en la utilidad de disco. Decía lo siguiente.

Verifying permissions for “Yosemite”
Open error 22: “Invalid argument” on usr/bin/gatherheaderdoc
Open error 22: “Invalid argument” on usr/bin/gcc
Open error 22: “Invalid argument” on usr/bin/gcov
Open error 22: “Invalid argument” on usr/bin/git

Traté de reparar los permisos, pero estos persisten. Incluso intenté reparar los permisos varias veces, incluso desde RecoveryHDy también desde el modo de usuario único, pero estos errores persisten.

¿Qué significan estos? ¿Qué debo hacer para arreglarlo?

Editar:

Aquí está la salida dels -l usr/bin/gcc

Harshas-Mac-Pro:~ sriharshachilakapati$ ls -l /usr/bin/gcc
-rwxr-xr-x  1 root  wheel  14160 Sep 27 07:36 /usr/bin/gcc
Harshas-Mac-Pro:~ sriharshachilakapati$ 

Editar:

Mi partición está nuevamente dañada. Este es el resultado después de que lo reparé desde el modo de usuario único.

Verifying volume “Yosemite”
Verifying file system.
Using live mode.
Checking Journaled HFS Plus volume.
Checking extents overflow file.
Checking catalog file.
Checking catalog hierarchy.
(It should be 337485 instead of 337484)
Volume bitmap needs minor repair for under-allocation
Checking volume information.
The volume Yosemite was found corrupt and needs to be repaired.
The volume Yosemite was found corrupt and needs to be repaired.
The volume Yosemite was found corrupt and needs to be repaired.
The volume Yosemite was found corrupt and needs to be repaired.
The volume Yosemite was found corrupt and needs to be repaired.
The volume Yosemite was found corrupt and needs to be repaired.
The volume Yosemite was found corrupt and needs to be repaired.
The volume Yosemite was found corrupt and needs to be repaired.
The volume Yosemite was found corrupt and needs to be repaired.
The volume Yosemite was found corrupt and needs to be repaired.
File system check exit code is 8.
Error: This disk needs to be repaired using the Recovery HD. Restart your computer, holding down the Command key and the R key until you see the Apple logo. When the OS X Utilities window appears, choose Disk Utility.

Esto ocurrió justo después de haber reparado mi partición desde el modo de usuario único. ¿Por qué?