Posiblemente se colocaron más hechizos protectores.

Cuando Harry se baja del tren, Tonks lo lleva a la entrada de Hogwarts y tienen una conversación en la que Tonks menciona la seguridad.

"Podría escalar una pared", sugirió. "No, no podrías", dijo Tonks rotundamente. "Hechizos anti-intrusos en todos ellos. La seguridad se ha reforzado cien veces este verano".
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Para mí, esto sugiere la adición de más encantamientos/hechizos protectores al perímetro de Hogwarts, debido a la implicación de la adición de hechizos anti-intrusos.

La protección mágica alrededor de Hogwarts se fortaleció.

El Ministro de Magia, Rufus Scrimgeour, explicó en un artículo de prensa cómo el Ministerio protegería a Hogwarts. Aunque no entra en detalles, alguien confirmó que las nuevas medidas de seguridad para Hogwarts incluirían hechizos y encantamientos defensivos y contra-maldiciones, además del equipo de Aurores que estaría estacionado alrededor de Hogwarts.

“Por razones obvias, el Ministerio no entrará en detalles sobre sus nuevos y estrictos planes de seguridad”, dijo el Ministro, aunque una fuente confirmó que las medidas incluyen hechizos y encantamientos defensivos, una compleja serie de contramaldiciones y un pequeño grupo de trabajo de Aurores dedicados únicamente a la protección de la Escuela Hogwarts.
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Dumbledore también dice que la protección mágica alrededor de Hogwarts se fortaleció durante el verano.

"Las fortificaciones mágicas del castillo se han fortalecido durante el verano, estamos protegidos de formas nuevas y más poderosas, pero aún debemos protegernos escrupulosamente contra el descuido por parte de cualquier estudiante o miembro del personal".
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Entonces, la protección incluía fortalecer la protección mágica que rodea a Hogwarts también.

Además de las otras respuestas, se estaba revisando todo el correo entrante y saliente de Hogwarts:

"Todas las lechuzas también están siendo revisadas", dijo Hermione.

"Pero pensé que todos los búhos estaban siendo registrados. Entonces, ¿cómo es que estas chicas pueden traer pociones de amor a la escuela?"

Si bien no establece explícitamente que fue el Ministerio el que revisó el correo, sabemos que durante el mismo período de tiempo también se revisó el correo de los Weasley, y allí se establece explícitamente que el Ministerio lo estaba revisando:

Estas medidas han causado una cierta cantidad de inconvenientes a Arthur y Molly: toda su publicación, por ejemplo, está siendo registrada en el Ministerio antes de ser enviada.

"No puede ser nada peligroso, todo nuestro correo todavía está siendo registrado en el Ministerio", respondió Ron, aunque miraba el paquete con sospecha.