FreeSurfer utiliza el comando recon-all para generar semiautomáticamente sus estadísticas. Esta herramienta implica una determinada estructura de directorios en la que se deben organizar los archivos con las imágenes de las muestras. En el tutorial de FreeSurfer llaman a esta estructura de directorio específica la estructura FSFAST .
Necesito analizar imágenes que fueron trabajadas previamente en SPM, y tiene la siguiente estructura de directorios para los pacientes:
/experiment/patients/A.o/
y para controles:
/experiment/controls/A.o/
Dentro de cada directorio existen archivos .hdr, .img, .mat y .mask para cada observación, la cual se obtuvo en dos tiempos diferentes. Entonces, la denominación de los archivos tiene el siguiente orden:
experiment_subjectnumber_time1.img
y para la segunda adquisición dice:
experiment_subjectnumber_time2.img
Lo mismo con todas las extensiones antes mencionadas (hdr, mat, mask).
Parece que en el flujo de trabajo de FreeSurfer, el comando unpacksdcmdir se usa para extraer datos de los tipos nii y dicon y organizarlos en la estructura FSFAST. ¿Se puede usar en estructuras de directorios como la que tengo?
Encontré ayuda en la lista de correo de FreeSurfer con respecto a esta pregunta. La respuesta es que para el análisis estructural, no es necesario ejecutar el comando recon-all en una estructura de directorio específica.
solo es cuestion de correr
recon-all -s SUBJECTNAME -all -i IMAGE.IMG
Tenga en cuenta que estoy alimentando un archivo img, que es lo que estoy usando ahora, sin embargo, los creadores del software sugieren el uso del tipo de archivo DICON.