No hay forma de hacer que las distintas capas se mezclen directamente con una capa de fondo, pero no entre sí, configurando el modo de fusión de cada capa. Pero solo puede mover el modo de fusión más arriba. Simplemente agrupe los elementos que desea mezclar y configure el grupo para que se mezclen (dejando las capas individuales en "Normal").
Otra opción si solo está trabajando con formas sólidas simples del mismo color (como en su ejemplo): ¡cree sus formas en la misma capa!
Otra opción posible es usar un golpe de gracia. Abra el cuadro de diálogo de estilo de capa para la forma superior y, en Opciones de fusión → Fusión avanzada, establezca "Knockout" en "Superficial" o "Profundo". Esto evitará que se muestre algo a través del objeto (ya sea hasta el fondo en el caso de "Profundo", o cualquier cosa en el mismo grupo en el caso de "Superficial").
El hecho de que esto afectará cualquier cosa debajo del objeto (ilustrado en mi ejemplo con el rectángulo) significa que puede que no funcione en su situación exacta, pero es una técnica útil saberlo.
Ryan