Los pulsos utilizados para disparar el IGBT deben estar sincronizados con el voltaje de línea (fase contra fase). Puedo ver que está usando Simulink , y si no recuerdo mal (esto hace varios años), este software tiene un bloque especial para generar 6 pulsos e incluso pulsos dobles. Este bloque se conecta mediante bloque de medida, directamente a la tensión de alimentación (para sincronización) y se proporciona una entrada, donde se establece el valor del ángulo de conducción en grados.
Quizás puedas lograr generar pulsos correctamente usando bloques discretos de medida, comparación, etc. pero te recomiendo que investigues un poco sobre módulos para sistemas de potencia en Simulink.
Aquí está la lista de bloques disponibles. Busque en "Generación de señales y control" generadores de pulsos, PWM, etc.
En cuanto a los niveles de tensión , con 690V se puede conseguir una tensión máxima de unos 1612 V, con un 4% de rizado aproximadamente. El tamaño del capacitor, debe estar de acuerdo a la carga del rectificador (sugiero que lo incluyas en la simulación), es decir, mientras más corriente demande la carga, mayor será el capacitor.
Te recomiendo que construyas todo el sistema en el simulador, incluyendo la carga, y así puedas determinar cuál es el ángulo de conducción (o el ángulo de tiro) necesario para alcanzar el voltaje.
lea collins