Después de la Orden 66, Yoda y Obi-Wan regresaron al Templo Jedi y lo encontraron ocupado por Clones. No intentan colarse, sino que atacan abiertamente y matan a varios Clones. Después de eso, investigan la escena con relativa tranquilidad, buscan pistas, recalibran el mensaje para los Jedi restantes, miran holograbaciones, etc.
Dado que sabemos que los soldados clon tienen equipo de comunicación, sería seguro asumir que advirtieron a otros que dos Jedi están en el Templo (y probablemente reconocieron al Gran Maestro de la Orden) y pidieron refuerzos. Como no aparecen nuevos Clones mientras Yoda y Obi-Wan pasean por el Templo, ¿es seguro suponer que dos Jedi capturaron temporalmente todo el Templo (o al menos parte de él) al eliminar a todos los soldados Clon?
La novelización oficial de la película indica que, en el momento en que Yoda y Obi-Wan se infiltraron en el templo, había miles de soldados clon armados en el lugar, que enfrentaban ataques regulares de varios Jedi que aún estaban escondidos.
Miles de tropas clon invadieron el Templo Jedi. Múltiples batallones en cada nivel no eran solo una fuerza de ocupación, sino que participaban en el largo y laborioso proceso de preparar los cadáveres para una identificación positiva. Los Jedi muertos debían contarse contra las listas mantenidas en los archivos del Templo; el clon muerto sería cotejado con las listas del regimiento. Todos los muertos tenían que ser contabilizados.
Esto estaba resultando algo más complicado de lo que esperaban los oficiales clon. Aunque la lucha había terminado hacía horas, seguían apareciendo soldados desaparecidos. Por lo general, pequeños escuadrones de patrulla (cinco soldados o menos) que aún realizaban barridos aleatorios a través de los pasillos del Templo, revisando cada puerta y ventana, cada escritorio y cada armario.
Star Wars Episodio III: La venganza de los Sith - Novelización oficial
No está especialmente claro si los soldados en la entrada principal ya se habían dado cuenta de que faltaban, pero incluso si lo hubieran hecho, un Jedi que entrara al Templo no habría sido la primera suposición de los soldados. Estarían más interesados en que los Jedi escapen adentro.
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