Secuenciación de los genomas de organismos poliploides

He realizado algunos trabajos de transcriptómica en el pasado con un organismo poliploide, y esto presentó algunos desafíos únicos en el procesamiento y análisis de datos. Desde entonces, he estado pensando en los desafíos técnicos que uno puede enfrentar al secuenciar y ensamblar los genomas de un organismo poliploide. Que yo sepa, no hay poliploides cuyos genomas hayan sido secuenciados.

Si uno quisiera secuenciar, por ejemplo, un organismo tetraploide, un enfoque sería preparar y secuenciar todo el ADN y luego confiar en el análisis posterior a la secuenciación para separar los dos genomas co-residentes. Sin embargo, sería difícil, si no imposible, con este enfoque distinguir la variación intergenómica de la variación intragenómica.

Un enfoque alternativo sería aislar el ADN de ambos genomas co-residentes por separado, y luego secuenciar y ensamblar los genomas por separado, de modo que no sea necesario considerar la variación y la homología entre genomas. Sin embargo, estoy pensando en un nivel muy alto y tengo poca intuición en cuanto a la viabilidad técnica de este enfoque. Cuando hay dos o más genomas co-residentes, ¿es posible aislar el ADN de uno solo de esos genomas? ¿En qué se basaría esto (por ejemplo, ayudaría una caracterización citogenética/citogenómica exhaustiva)? Si esta tarea no es posible, ¿qué tipo de limitaciones deben superarse para habilitarla?

Estoy interesado en los temas relacionados con la transcriptómica en organismos poliploides (haré algunas transcriptómicas comparativas entre organismos con ploidía relacionados pero diferentes). Si pregunto esto como una pregunta separada, ¿podría dar más detalles sobre los problemas involucrados y cómo los resolvió?
No estoy seguro, ya que el material aún no está publicado. Supongo que dependerá de la pregunta.
@jmusser Revertí tu edición de título ya que realmente no capturó la pregunta. El título " ¿Cómo se secuencian los genomas de los organismos poliploides? " no es realmente apropiado, parece que estás preguntando cómo se hace actualmente (no lo es). Estoy preguntando cómo debería o podría hacerse. Si tiene más sugerencias sobre cómo mejorar el título, con gusto las consideraré.
@DanielStandage, lo siento, solo quiero convertir el título en una pregunta. :)
@jmusser No se preocupe, no tengo ningún problema con eso, suponiendo que la pregunta capture adecuadamente lo que se pregunta.

Respuestas (1)

Eche un vistazo a las estrategias utilizadas para secuenciar el genoma del trigo. El trigo es hexaploide. El proyecto se describe en http://www.wheatgenome.org/ .

Para los primeros trabajos sobre el genoma del maíz, empleamos la filtración de metilo para reducir la complejidad y el tamaño del genoma: los transposones se filtran y los genes + promotores y demás permanecen. Las secuencias de genes son diferentes de los dos genomas, dice la teoría, y se pueden distinguir. Consulte http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10545948 para obtener la referencia.

Como sé, el trigo (tanto 4n como 6n) es totalmente poliploide (surgió por hibridación de diferentes especies). ¿No es más difícil secuenciar el genoma de las especies autopoliploides?
No estoy seguro. La secuenciación no es el problema real, es el ensamblaje preciso del genoma.
Secuenciación de los genomas de organismos poliploides
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